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药物设计中分子对接优化设计的算法和软件研究
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药物设计中分子对接优化设计的算法和软件研究
论文目录
 
1 绪论第11-27 页
　　· 研究背景及意义第11-15 页
　　　　· 国内外药物发展概况第11-12 页
　　　　· 计算机辅助药物设计第12-14 页
　　　　· 分子对接中的重要问题第14-15 页
　　· 分子对接与药物设计第15-21 页
　　　　· 分子对接分类第15-17 页
　　　　· 应用领域第17-20 页
　　　　· 成功的实例第20-21 页
　　· 分子对接的发展方向第21-25 页
　　　　· 柔性对接第21 页
　　　　· 溶剂化效应第21-22 页
　　　　· 并行计算第22-24 页
　　　　· 反向对接第24-25 页
　　· 本文主要研究内容和工作第25-27 页
2 分子对接原理第27-45 页
　　· 互补匹配原则第27-28 页
　　· 构象搜索算法第28-38 页
　　· 构象评分函数第38-40 页
　　· 典型分子对接软件第40-45 页
　　　　· DOCK第40-41 页
　　　　· AutoDock第41 页
　　　　· FlexX第41-43 页
　　　　· Affinity第43 页
　　　　· Docking第43-44 页
　　　　· FlexiDock第44-45 页
3 分子对接演化设计模型第45-66 页
　　· 分子对接演化设计模型第45-50 页
　　　　· 分子对接问题的数学模型第45-47 页
　　　　· 模型转化第47-50 页
　　· 基于空间收缩的多种群遗传算法第50-65 页
　　　　· 概述第50-52 页
　　　　· 空间收缩因子第52-54 页
　　　　· 小种群策略第54 页
　　　　· 参数自适应设计第54-55 页
　　　　· 算法实现第55-58 页
　　　　· 数值测试第58-65 页
　　· 小结第65-66 页
4 分子对接信息熵模型的并行解法第66-77 页
　　· 概述第66 页
　　· 分子对接IEGA模型的并行化设计第66-72 页
　　　　· 遗传算法的并行化分析第66-67 页
　　　　· PIEGA(Parallel IEGA)模型的实现方案第67-68 页
　　　　· 基于MPI的并行化程序设计第68-72 页
　　· PIEGA的有效性分析第72-76 页
　　　　· PIEGA的性能评价指标第72-73 页
　　　　· 数值优化测试第73-76 页
　　· 小结第76-77 页
5 分子对接并行化软件设计第77-92 页
　　· 概述第77-78 页
　　· 软件设计策略第78-79 页
　　· 分子对接并行化软件的有效集成第79-80 页
　　· 分子表面的球形表示第80-82 页
　　· 评分预处理网格第82-86 页
　　· 并行化软件实现第86-90 页
　　　　· 系统平台第86-87 页
　　　　· 对接算法流程第87-89 页
　　　　· 程序的输入／输出第89-90 页
　　· 小结第90-92 页
6 对接测试与应用第92-99 页
　　· 基于环氧合酶-2的分子对接应用第93-96 页
　　　　· 研究背景第93-94 页
　　　　· 基于COX-2晶体结构的对接第94-96 页
　　· 过氧化物酶体增殖物激活受体-γ激动剂应用第96-98 页
　　　　· 研究背景第96-97 页
　　　　· 基于PPARγ晶体结构的分子对接第97-98 页
　　· 小结第98-99 页
7 分子对接与虚拟筛选第99-114 页
　　· 概述第99-100 页
　　· 虚拟筛选第100-101 页
　　· 基于COX-2的虚拟筛选第101-105 页
　　　　· 准备分子库第101-104 页
　　　　· 分子库筛选第104-105 页
　　· 虚拟筛选用于免疫吸附材料的辅助设计第105-113 页
　　　　· 问题描述第105-106 页
　　　　· 对接预测第106-113 页
　　· 小结第113-114 页
8 结论与展望第114-116 页
　　· 结论第114 页
　　· 展望第114-116 页
参考文献第116-126 页
创新点摘要第126-127 页
攻读博士学位期间发表论文情况第127-129 页
致谢第129-131 页

本篇论文共131页，点击这进入下载页面。
 
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