南昌地区圈养野生动物肠道微生物多样性分析



南昌地区圈养野生动物肠道微生物多样性分析

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南昌地区圈养野生动物肠道微生物多样性分析

论文目录
摘要	第1-8页
Abstract	第8-10页
第一章文献综述	第10-21页
1 动物肠道微生物的构成与发展	第10-11页
2 动物肠道微生物的功能	第11-15页
2.1 对肠道发育的影响	第11页
2.2 免疫功能	第11-12页
2.3 屏障功能	第12-13页
2.4 营养功能	第13-14页
2.5 代谢功能	第14页
2.6 其他功能	第14-15页
3 动物消化道内微生物结构和多样性改变因素	第15-16页
3.1 宿主年龄因素影响	第15页
3.2 宿主饮食因素影响	第15-16页
3.3 疾病因素影响	第16页
3.4 其他因素影响	第16页
4 动物肠道微生物多样性研究方法及进展	第16-19页
4.1 传统研究方法	第16-17页
4.2 现代分子生物学技术	第17-19页
4.2.1 基于16SrDNA基因克隆文库技术	第17-18页
4.2.2 指纹图谱技术	第18页
4.2.3 高通量测序技术	第18-19页
4.2.4 其他分子生物学技术	第19页
5 肠道微生物总DNA提取方法	第19-20页
6 实验的目的和意义	第20-21页
第二章野生动物粪便总细菌DNA提取方法比较	第21-36页
1 材料	第21-23页
1.1 主要试剂	第21页
1.2 主要相关试剂配置	第21-22页
1.3 设备	第22页
1.4 引物	第22-23页
2 方法	第23-27页
2.1 样品采集	第23页
2.2 粪便微生物总DNA提取	第23-25页
2.2.1 总DNA提取策略	第23页
2.2.2 总DNA提取方法	第23-25页
2.3 目测总DNA溶液颜色及洁净度	第25页
2.4 总DNA琼脂糖凝胶电泳分析	第25页
2.5 总DNA的得率和纯度测定分析	第25页
2.6 总DNAPCR扩增分析	第25-26页
2.7 总DNA巢式PCR-DGGE分析	第26-27页
2.8 分析	第27页
3 结果	第27-34页
3.1 目测总DNA溶液颜色和洁净度结果	第27-28页
3.2 粪便微生物总DNA琼脂糖电泳检测结果	第28-29页
3.3 粪便微生物总DNA得率和纯度结果	第29-30页
3.4 总DNA巢式PCR-DGGE分析	第30-34页
3.4.1 巢式PCR扩增	第30-32页
3.4.2 总DNA DGGE分析	第32-34页
4 讨论	第34-35页
4.1 样品采集和保存	第34页
4.2 粪便样品总DNA提提取质量比较	第34-35页
5 小结	第35-36页
第三章野生动物肠道微生物多样性研究	第36-57页
1 材料	第36-37页
1.1 试剂	第36页
1.2 设备	第36页
1.3 样品采集与保存	第36-37页
2 方法	第37-39页
2.1 总DNA提取	第37页
2.2 目标片段PCR扩增	第37页
2.3 上机测序	第37-38页
2.4 高通量测序数据处理和分析	第38-39页
2.4.1 数据的处理和质控	第38页
2.4.2 OTU分类及物种注释	第38页
2.4.3 Alpha多样性分析	第38页
2.4.4 Beta多样性分析	第38-39页
2.4.5 菌群结构分析	第39页
2.4.6 16S功能基因预测分析	第39页
3 结果	第39-53页
3.1 总DNA提取	第39页
3.2 野生动物粪便细菌总DNAPCR扩增结果	第39-40页
3.3 测序处理和信息分析	第40-42页
3.3.1 测序数据统计及质控	第40-41页
3.3.2 OTU分类及统计结果	第41-42页
3.4 Alpha多样性分析	第42-44页
3.5 Beta多样性分析	第44-46页
3.6 菌群结构分析	第46-53页
3.6.1 基于门水平(phylumlevel)分析	第46-47页
3.6.2 基于目水平(orderlevel)分析	第47-49页
3.6.3 不同野生动物组粪便菌群差异性分析	第49-51页
3.6.4 不同野生动物组粪便菌群功能差异性分析	第51-53页
4 讨论	第53-56页
4.1 Illumina高通量测序技术的应用	第53-54页
4.2 食性对野生动物肠道微生物的影响	第54-55页
4.3 消化道生理结构对野生动物肠道微生物影响	第55-56页
5 小结	第56-57页
全文总结	第57-58页
参考文献	第58-68页
致谢	第68-69页
作者简介	第69页

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