两个不同致病类型小麦叶锈菌株差异表达分析及其分泌蛋白的筛选



两个不同致病类型小麦叶锈菌株差异表达分析及其分泌蛋白的筛选

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两个不同致病类型小麦叶锈菌株差异表达分析及其分泌蛋白的筛选

论文目录
中文摘要	第1-6页
英文摘要	第6-11页
1 引言	第11-20页
1.1 植物病原和寄主植物的互作机制	第11-12页
1.2 植物病原菌效应因子的研究进展	第12-18页
1.2.1 锈菌效应因子研究进展	第12-15页
1.2.2 效应因子的鉴定方法	第15-16页
1.2.3 蛋白数据库筛选和功能注释	第16-18页
1.3 本研究的目的意义	第18-19页
1.4 研究技术路线	第19-20页
2 试验材料和方法	第20-26页
2.1 试验仪器	第20页
2.2 试验试剂	第20页
2.3 试验用小麦及叶锈菌	第20页
2.4 叶锈菌单孢子堆纯化和扩繁	第20-21页
2.5 小麦叶锈菌毒力鉴定	第21页
2.6 小麦锈病的接种与取样	第21页
2.7 RNA提取	第21页
2.8 琼脂糖凝胶电泳检测RNA质量	第21-22页
2.9 紫外分光光度计检测RNA质量	第22页
2.10 文库构建和测序	第22-23页
2.10.1 测序随机性分析	第22页
2.10.2 基因表达水平的标准化	第22-23页
2.11 差异表达基因筛选	第23页
2.12 功能注释	第23-26页
2.12.1 Gene Ontology功能注释和分类	第23页
2.12.2 KEGG代谢途径富集分析	第23-24页
2.12.3 分泌蛋白预测	第24页
2.12.4 分泌蛋白结构分析	第24-26页
3 结果与分析	第26-67页
3.1 小麦叶锈菌菌株的毒力鉴定	第26页
3.2 RNA质量检测	第26-27页
3.3 测序数据的匹配	第27-28页
3.4 测序质量评估	第28-29页
3.5 测序饱和度分析	第29页
3.6 测序随机性分析	第29-30页
3.7 基因表达定量	第30页
3.8 差异表达基因筛选	第30-35页
3.8.1 差异表达基因	第30-31页
3.8.2 特异表达基因	第31-35页
3.9 Gene Ontology功能显著性富集分析	第35-37页
3.10 KEGG Pathway显著性富集分析	第37-55页
3.10.1 核糖体代谢途径	第39-40页
3.10.2 淀粉与糖类代谢途径	第40-42页
3.10.3 紧密接头（Tight junctions）信号传递途径	第42-43页
3.10.4 病毒心肌炎途径	第43-44页
3.10.5 溶酶体途径	第44-45页
3.10.6 甲状腺癌症途径	第45-46页
3.10.7 脂肪酸代谢途径	第46-47页
3.10.8 其他多糖降解途径	第47-48页
3.10.9 癌症途径	第48-52页
3.10.10 氨糖及核酸糖代谢途径	第52-54页
3.10.11 MAPK信号通路	第54-55页
3.11 分泌蛋白的筛选	第55-67页
3.11.1 SignalP预测	第56-58页
3.11.2 TargetP预测	第58页
3.11.3 TMHMM筛选	第58-60页
3.11.4 GPI预测	第60-61页
3.11.5 Pfam搜索	第61-64页
3.11.6 MEME4.10 预测结果	第64-67页
4 讨论	第67-74页
4.1 测序数据库比较	第67页
4.2 差异表达基因可能与致病性的关系	第67-72页
4.2.1 差异表达基因的KEGG数据库分析	第68-70页
4.2.2 分泌蛋白功能注释	第70-72页
4.3 功能motif的搜索	第72页
4.4 分泌蛋白预测方法	第72-73页
4.5 总结和展望	第73-74页
5 结论	第74-75页
参考文献	第75-84页
在读期间发表的学术论文	第84-85页
作者简介	第85-86页
致谢	第86-87页

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