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QTL定位与遗传结构解析的贝叶斯方法开发及在北美大麦中的应用
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QTL定位与遗传结构解析的贝叶斯方法开发及在北美大麦中的应用
论文目录
 
摘要第10-12页
英文摘要第12-14页
1 前言第14-23页
　　1.1 DNA标记与连锁图谱第14-16页
　　1.2 QTL定位的原理及作图方法第16-17页
　　　　1.2.1 QTL的原理第16页
　　　　1.2.2 区间定位法第16页
　　　　1.2.3 复合区间定位法第16-17页
　　　　1.2.4 多区间定位法第17页
　　　　1.2.5 贝叶斯QTL定位第17页
　　1.3 QTL定位的杂交群体第17-19页
　　1.4 大麦重要QTL的定位现状第19-22页
　　　　1.4.1 蛋白质含量第19页
　　　　1.4.2 糖化力第19页
　　　　1.4.3 产量第19-20页
　　　　1.4.4 株高与抗倒伏第20-21页
　　　　1.4.5 大麦Alpha淀粉酶第21页
　　　　1.4.6 麦芽提取物和花期性状第21-22页
　　1.5 研究目的第22-23页
2 材料与方法第23-39页
　　2.1 试验材料第23页
　　2.2 单个QTL扫描第23-24页
　　2.3 多个QTL的同时分析方法第24-29页
　　　　2.3.1 多元回归模型第25页
　　　　2.3.2 先验分布第25-27页
　　　　2.3.3 后验分布第27-29页
　　　　2.3.4 迭代抽样步骤第29页
　　2.4 推断QTL存在的后验分布第29-36页
　　　　2.4.1 贝叶斯压缩估计方法中的QTL检验问题第29-30页
　　　　2.4.2 混合模型推断QTL后验概率——拟合法（Fit Mix）第30-36页
　　　　2.4.3 混合模型推断QTL后验概率——直观法（Sim Mix）第36页
　　2.5 遗传结构的统计方法第36-39页
　　　　2.5.1 模型第37页
　　　　2.5.2 先验分布第37页
　　　　2.5.3 后验分布第37-38页
　　　　2.5.4 迭代抽样步骤第38页
　　　　2.5.5 经验贝叶斯预测遗传效果及显著性体验第38-39页
3 结果与分析第39-78页
　　3.1 北美大麦QTL定位分析第39-57页
　　　　3.1.1 单标记扫描分析北美大麦资料第39页
　　　　3.1.2 四种贝叶斯压缩估计方法分析北美大麦资料第39页
　　　　3.1.3 贝叶斯压缩估计中QTL存在的后验概率第39-40页
　　　　3.1.4 七种方法的整合第40页
　　　　3.1.5 结果输出第40-57页
　　3.2 QTL定位方法的模拟研究第57-66页
　　　　3.2.1 四种贝叶斯压缩估计方法性能模拟研究第57-59页
　　　　3.2.2 贝叶斯压缩估计中QTL后验概率推断的模拟研究第59-66页
　　3.3 遗传结构解析结果第66-78页
　　　　3.3.1 Alpha淀粉酶性状的遗传结构第66-67页
　　　　3.3.2 糖化力性状的遗传结构第67-69页
　　　　3.3.3 麦芽提取物第69-70页
　　　　3.3.4 蛋白质含量性状的遗传结构第70-72页
　　　　3.3.5 产量性状的遗传结构第72-73页
　　　　3.3.6 株高性状的遗传结构第73-75页
　　　　3.3.7 抗倒伏性状的遗传结构第75-76页
　　　　3.3.8 花期性状的遗传结构第76-78页
4 讨论第78-86页
　　4.1 七种方法整合同时提高检测效率和降低假阳性率第78页
　　4.2 不同贝叶斯方法采用不同的先验设置第78-79页
　　4.3 贝叶斯方法中QTL效应的检验问题第79-80页
　　4.4 遗传结构精细解析第80-81页
　　4.5 样本重复验证第81页
　　4.6 连锁不平衡精细定位第81页
　　4.7 位置候选基因第81-82页
　　4.8 全基因组关联研究实现QTL高效检测第82-83页
　　4.9 基因和遗传变异水平的精细定位第83-86页
5 结论第86-87页
6 创新点第87-88页
致谢第88-89页
参考文献第89-98页
附录第98-102页
附录1 SimMix的Fortran程序代码第98-102页
攻读博士学位期间发表的学术论文第102页

本篇论文共102页，点击这进入下载页面。
 
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