论文目录 | |
| 摘要 | 第1-9页 |
| ABSTRACT | 第9-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-31页 |
| 1.1 猪繁殖力及卵巢生殖调控功能研究进展 | 第15-19页 |
| 1.1.1 猪繁殖力关键性状及相关基因研究进展 | 第15-17页 |
| 1.1.2 母猪卵巢生殖调控功能研究进展 | 第17-19页 |
| 1.2 猪繁殖力相关转录组学研究进展 | 第19-24页 |
| 1.2.1 在转录组学中应用的测序技术 | 第19页 |
| 1.2.2 猪繁殖力相关mRNA研究进展 | 第19-20页 |
| 1.2.3 猪繁殖力相关非编码RNA研究进展 | 第20-24页 |
| 1.3 猪繁殖力相关代谢组学研究 | 第24-27页 |
| 1.3.1 代谢组学介绍 | 第24页 |
| 1.3.2 代谢组学的分类 | 第24-26页 |
| 1.3.3 影响猪繁殖力的有效代谢物研究 | 第26页 |
| 1.3.4 代谢组学在繁殖力相关疾病诊断和预防中的应用 | 第26-27页 |
| 1.4 猪遗传育种与多组学整合分析研究进展 | 第27-29页 |
| 1.4.1 基因组学和转录组学整合分析在猪遗传育种中的应用 | 第27页 |
| 1.4.2 转录组学和代谢组学整合分析在猪遗传育种中的应用 | 第27-28页 |
| 1.4.3 转录组学和蛋白质组学整合分析在猪遗传育种中的应用 | 第28页 |
| 1.4.4 代谢组学和蛋白质组学整合分析在猪遗传育种中的应用 | 第28页 |
| 1.4.5 两个以上组学整合分析在猪遗传育种中的应用 | 第28-29页 |
| 1.5 本研究的目的和意义 | 第29-30页 |
| 1.6 技术路线 | 第30-31页 |
| 第二章 基于卵巢全转录组学筛选影响母猪产仔数性状关键候选基因 | 第31-46页 |
| 2.1 材料与方法 | 第31-35页 |
| 2.1.1 试验动物 | 第31-32页 |
| 2.1.2 卵巢组织总RNA提取 | 第32-33页 |
| 2.1.3 总RNA质量检测 | 第33页 |
| 2.1.4 文库构建 | 第33页 |
| 2.1.5 测序 | 第33页 |
| 2.1.6 全转录组测序数据质量控制及分析 | 第33页 |
| 2.1.7 差异表达基因的分析和ce RNA关系预测 | 第33页 |
| 2.1.8 功能分析 | 第33-34页 |
| 2.1.9 cDNA合成 | 第34页 |
| 2.1.10 实时定量PCR(Real-time quantitative PCR) | 第34-35页 |
| 2.2 结果 | 第35-44页 |
| 2.2.1 总RNA质量检测结果 | 第35-36页 |
| 2.2.2 测序数据的质量控制 | 第36-38页 |
| 2.2.3 Mapping结果统计 | 第38页 |
| 2.2.4 基因组的结构分析 | 第38-39页 |
| 2.2.5 Reads在染色体上的分布 | 第39-40页 |
| 2.2.6 高产猪和低产猪卵巢中差异基因分析 | 第40-41页 |
| 2.2.7 测序数据的RT-qPCR验证 | 第41-42页 |
| 2.2.8 SLS和 LLS猪卵巢组织的GO功能富集分析和通路分析 | 第42-43页 |
| 2.2.9 候选基因的鉴定 | 第43-44页 |
| 2.3 讨论 | 第44-45页 |
| 2.4 小结 | 第45-46页 |
| 第三章 基于卵巢全转录组学筛选影响猪产仔数的关键候选非编码RNA | 第46-57页 |
| 3.1 材料与方法 | 第46-47页 |
| 3.1.1 试验动物 | 第46页 |
| 3.1.2 卵巢组织RNA提取 | 第46页 |
| 3.1.3 cDNA合成 | 第46页 |
| 3.1.4 实时定量PCR | 第46-47页 |
| 3.2 结果 | 第47-55页 |
| 3.2.1 高产猪和低产猪卵巢中差异miRNA分析 | 第47-48页 |
| 3.2.2 miRNA的 RT-qPCR验证 | 第48页 |
| 3.2.3 高产猪和低产猪卵巢中差异lncRNA分析 | 第48-49页 |
| 3.2.4 lncRNA的 RT-qPCR验证 | 第49-50页 |
| 3.2.5 高产猪和低产猪卵巢中差异circRNA分析 | 第50-51页 |
| 3.2.6 circRNA的 RT-qPCR验证 | 第51-52页 |
| 3.2.7 lncRNA-miRNA-mRNA和 circRNA-miRNA-mRNA的网络分析 | 第52-55页 |
| 3.3 讨论 | 第55-56页 |
| 3.4 小结 | 第56-57页 |
| 第四章 基于卵巢代谢组学筛选影响猪产仔数性状的关键代谢物及其候选关键基因 | 第57-67页 |
| 4.1 材料与方法 | 第57-58页 |
| 4.1.1 试验动物 | 第57页 |
| 4.1.2 卵巢组织代谢物提取 | 第57页 |
| 4.1.3 色谱条件 | 第57页 |
| 4.1.4 质谱条件 | 第57页 |
| 4.1.5 代谢物的鉴定 | 第57-58页 |
| 4.1.6 数据分析 | 第58页 |
| 4.2 结果 | 第58-65页 |
| 4.2.1 QC样本质控 | 第58页 |
| 4.2.2 总样品PCA分析 | 第58-59页 |
| 4.2.3 各组代谢物表达水平分布 | 第59-60页 |
| 4.2.4 偏最小二乘法判别分析(PLS-DA) | 第60-61页 |
| 4.2.5 差异代谢物分析 | 第61页 |
| 4.2.6 差异代谢物的KEGG富集分析 | 第61-62页 |
| 4.2.7 代谢组学和转录组学联合分析 | 第62-65页 |
| 4.3 讨论 | 第65页 |
| 4.4 小结 | 第65-67页 |
| 第五章 miR-183 在高产性母猪卵巢中的功能和miR-183-circTCP1 轴的鉴定 | 第67-77页 |
| 5.1 材料与方法 | 第67-69页 |
| 5.1.1 试验材料 | 第67页 |
| 5.1.2 实验试剂的配置 | 第67页 |
| 5.1.3 主要仪器设备 | 第67-68页 |
| 5.1.4 猪卵巢颗粒细胞的培养及转染 | 第68页 |
| 5.1.5 总RNA的提取及反转录 | 第68页 |
| 5.1.6 总蛋白的提取及蛋白免疫印迹 | 第68页 |
| 5.1.7 实时荧光定量PCR | 第68页 |
| 5.1.8 CCK-8 实验 | 第68页 |
| 5.1.9 EdU实验 | 第68页 |
| 5.1.10 流式细胞检测 | 第68页 |
| 5.1.11 构建ce RNA网络 | 第68页 |
| 5.1.12 双荧光素酶报告基因载体的构建 | 第68-69页 |
| 5.1.13 双荧光素酶报告基因活性分析 | 第69页 |
| 5.1.14 数据统计与分析 | 第69页 |
| 5.2 结果 | 第69-75页 |
| 5.2.1 miR-183 的序列保守性分析 | 第69页 |
| 5.2.2 miR-183 促进卵巢颗粒细胞P4 的合成分泌而降低E2 的合成分泌 | 第69-70页 |
| 5.2.3 过表达miR-183 促进卵巢颗粒细胞增殖 | 第70-72页 |
| 5.2.4 过表达miR-183 对卵巢功能基因表达的影响 | 第72-73页 |
| 5.2.5 过表达miR-183 影响细胞周期相关基因的表达 | 第73-74页 |
| 5.2.6 过表达miR-183 对细胞凋亡的影响 | 第74页 |
| 5.2.7 circRNA-miRNA轴的鉴定 | 第74-75页 |
| 5.3 讨论 | 第75-76页 |
| 5.4 小结 | 第76-77页 |
| 第六章 结论 | 第77-79页 |
| 6.1 主要结论 | 第77页 |
| 6.2 创新点 | 第77-78页 |
| 6.3 后续研究 | 第78-79页 |
| 参考文献 | 第79-87页 |
| 附录 | 第87-143页 |
| 致谢 | 第143-144页 |
| 个人简介 | 第144页 |
