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青天葵转录组特征研究
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青天葵转录组特征研究
论文目录
 
摘要第1-7页
Abstract第7-15页
引言第15-19页
　　1 研究背景第15页
　　2 本研究工作的总体思路、主要研究方法和预期成果第15-17页
　　参考文献第17-19页
第一章 文献综述第19-44页
　　· 中药DNA条形码研究进展第19-21页
　　· 转录组及其在药用植物中应用第21-26页
　　· 植物器官大小调控基因研究进展第26-34页
　　　　附表第32-34页
　　参考文献第34-44页
第二章 基于DNA条形码的青天葵真伪鉴别第44-70页
　　· 青天葵与常见混伪品的鉴别第44-60页
　　　　· 材料与试剂第44-45页
　　　　　　· 植物材料第44页
　　　　　　· 试剂第44-45页
　　　　　　· 仪器第45页
　　　　· 方法第45-46页
　　　　　　· DNA提取第45-46页
　　　　　　· PCR扩增与测序第46页
　　　　　　· 序列分析第46页
　　　　· 结果与分析第46-59页
　　　　　　· PCR与测序成功率第46-47页
　　　　　　· 序列变异分析第47-52页
　　　　　　· 遗传距离分析第52-56页
　　　　　　· 聚类分析第56-57页
　　　　　　· ITS2序列二级结构比较第57-59页
　　　　· 讨论第59-60页
　　· 青天葵与同属近缘品的鉴别第60-68页
　　　　· 材料与试剂第60页
　　　　　　· 实验材料第60页
　　　　　　· 试剂与仪器第60页
　　　　· 方法第60-63页
　　　　　　· DNA提取、PCR扩增和测序第60-63页
　　　　　　· 数据分析第63页
　　　　　　　　· 序列处理与提交第63页
　　　　　　　　· 不同候选序列的序列变异分析第63页
　　　　　　　　· Wilcoxon秩合检验第63页
　　　　　　　　· Barcoding gap评估第63页
　　　　　　　　· 鉴定成功率评价第63页
　　　　　　　　· 遗传关系分析第63页
　　　　· 结果与分析第63-67页
　　　　　　· 扩增和测序成功率第63-64页
　　　　　　· 种间和种内变异分析第64-65页
　　　　　　· barcoding gap评价第65-66页
　　　　　　· 鉴定效率评价第66页
　　　　　　· 基于;WC7/尺序列的亲缘关系分析第66-67页
　　　　· 讨论第67-68页
　　· 小结第68页
　　参考文献第68-70页
第三章 青天葵转录组学研究第70-97页
　　· 植物材料第70页
　　· 方法第70-73页
　　　　· RNA提取第70页
　　　　· cDNA文库的建立和测序第70-71页
　　　　· 序列组装第71-72页
　　　　· 基因注释和挖掘第72-73页
　　　　· 基因表达量计算第73页
　　· 结果与分析第73-95页
　　　　· RNA提取第73-74页
　　　　· 产量统计、序列组装、基因注释第74-77页
　　　　· SSR分析第77-78页
　　　　· 基因注释和分类第78-81页
　　　　· 代谢途径分析第81-83页
　　　　· 基因差异表达分析第83-85页
　　　　· 基因挖掘第85-87页
　　　　　　· 次生代谢产物生源途径相关基因第85-86页
　　　　　　· 生理功能过程相关基因第86-87页
　　　　附表第87-95页
　　· 讨论第95页
　　· 小结第95-96页
　　参考文献第96-97页
第四章 青天葵转录组的验证—器官生长调控基因NfEBP1的克隆与分析第97-132页
　　· 材料与试药第97-99页
　　　　· 植物材料第97页
　　　　· 引物第97页
　　　　· 菌种与载体第97-98页
　　　　· 分子生物学试剂第98页
　　　　· 其他相关试剂配制第98-99页
　　　　· 测序第99页
　　　　· 主要仪器第99页
　　· 方法第99-111页
　　　　· NfEBPl的克隆第99-107页
　　　　　　· 青天葵叶片总RNA提取第99-100页
　　　　　　· 引物设计第100页
　　　　　　· 5'-RACE第100-104页
　　　　　　· 3'-RACE第104-106页
　　　　　　· cDNA全序列的拼接第106页
　　　　　　· NfEBP1编码区的克隆第106-107页
　　　　　　· 序列提交第107页
　　　　　　· 基因编码蛋白的分析第107页
　　　　· NfEBP1在青天葵不同组织的表达分析第107-111页
　　　　　　· 青天葵不同组织的RNA提取第107-108页
　　　　　　· 反转录PCR第108页
　　　　　　· 引物设计第108-109页
　　　　　　· 内参基因核心片段的普通PCR扩增第109-110页
　　　　　　· 内参基因扩增效率的检测第110页
　　　　　　· 内参基因的稳定性评价第110页
　　　　　　· 目的基因NfEBP1在青天葵不同组织的相对表达量分析第110-111页
　　· 结果与分析第111-128页
　　　　· N-BP1的克隆第111-122页
　　　　　　· RNA提取效果第111页
　　　　　　· Unigene片段的筛选第111页
　　　　　　· NfEBP1的5’RACE克隆第111-114页
　　　　　　· NfEBP1的3’RACE克隆第114-117页
　　　　　　· NfEBP1的全长的拼接第117-118页
　　　　　　· NfEBP1编码区的克隆及编码蛋白分析第118-122页
　　　　· NfEBP1在青天葵不同组织中的表达分析第122-128页
　　　　　　· 青天葵组织总RNA提取第122-123页
　　　　　　· 内参基因的普通PCR扩增第123页
　　　　　　· 内参基因的扩增效率和特异性第123-125页
　　　　　　· 内参基因的实时定量PCR分析第125-126页
　　　　　　· 内参基因的稳定性评价第126-127页
　　　　　　· NfEBP1在青天葵不同组织的表达分析第127-128页
　　· 讨论第128-130页
　　　　· NfEBP1的克隆与表达第128-129页
　　　　· 青天葵实时荧光定量PCR内参基因的选择第129-130页
　　· 小结第130页
　　参考文献第130-132页
第五章 结论与展望第132-134页
　　· 结论第132-133页
　　· 展望第133-134页
附录第134-165页
　　附录1 青天葵KEGG代谢途径及基因差异第134-151页
　　附录2 NJEBP1-5’564 BLASTN结果第151-153页
　　附录3 NfEBP1-3’807 BLASTN结果第153-155页
　　附录4 NfEBP1编码区序列BLASTN结果第155-157页
　　附录5 NfEBP1氨基酸序列BLASTP结果第157-159页
　　附录6 NfEBP1亚细胞定位分析结果第159-160页
　　附录7 英文缩略词表第160-161页
　　附录8 图片目录第161-163页
　　附录9 表格目录第163-165页
研究生在学期间参与课题情况第165-166页
研究生在学期间发表论文及著作第166-168页
研究生在学期间获得的奖励和资助第168-169页
致谢第169-170页
统计学证明第170 页

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