MM/PBSA方法计算抗原短肽与HLA-A~*0201分子结合自由能



MM/PBSA方法计算抗原短肽与HLA-A~*0201分子结合自由能

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MM/PBSA方法计算抗原短肽与HLA-A~*0201分子结合自由能

论文目录
摘要	第1-5页
Abstract	第5-8页
1 绪论	第8-13页
· 内源性抗原提呈	第8-9页
· 计算机辅助疫苗设计与结合自由能计算	第9-11页
· 研究内容简介	第11-13页
2 理论基础和方法介绍	第13-26页
· 分子动力学模拟计算流程	第13-16页
· 分子动力学基本算法	第16-21页
· 周期性边界条件及相关算法	第16-18页
· 能量最小化及相关算法	第18-19页
· 截断值与Particle Mesh Ewald算法	第19页
· 约束分子动力学算法	第19-20页
· 系综及模拟条件	第20-21页
· QM/MM方法的实现	第21-24页
· ONIOM方法	第21-23页
· QM/MM体系的建立	第23-24页
· MM/PBSA方法计算结合自由能	第24-26页
3 模拟过程	第26-32页
· HLA I类分子与表位结合肽的精细分子结构	第26-28页
· 模拟过程及参数	第28-31页
· 建立样本结构	第28-29页
· 计算溶剂中结合自由能	第29-31页
· 计算真空中结合自由能	第31页
· 模拟软件及计算平台	第31-32页
4 模拟结果及分析	第32-37页
· 计算结合自由能并对各能量项作用进行讨论	第32-34页
· 计算样本结合自由能并对锚点残基作用进行讨论	第34-37页
结论	第37-38页
参考文献	第38-42页
攻读硕士学位期间发表学术论文情况	第42-43页
致谢	第43-44页

本篇论文共44页，点击这进入下载页面。

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