肠炎沙门氏菌感染后SPF白来航鸡和济宁百日鸡盲肠lncRNA表达谱分析
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肠炎沙门氏菌感染后SPF白来航鸡和济宁百日鸡盲肠lncRNA表达谱分析
论文目录
中文摘要
第1-11页
Abstract
第11-14页
1.前言
第14-20页
1.1 lncRNA的研究进展及应用
第14-16页
1.1.1 lncRNA的发现
第14-15页
1.1.2 lncRNA的作用机制
第15页
1.1.3 lncRNA在病毒感染中的调控
第15-16页
1.1.4 lncRNA与肿瘤发生
第16页
1.2 lncRNA的研究展望
第16-17页
1.3 沙门氏菌病研究进展
第17-18页
1.3.1 肠炎沙门氏菌的致病机制
第17页
1.3.2 鸡肠炎沙门氏菌的诊断方法
第17-18页
1.3.3 鸡肠炎沙门氏菌病主要的防治技术
第18页
1.3.4 肠炎沙门氏菌的致病性及公共卫生学意义
第18页
1.4 抗病遗传育种研究进展
第18-19页
1.4.1 抗病育种的意义
第18页
1.4.2 抗病性的遗传基础
第18-19页
1.4.3 家禽遗传育种途径
第19页
1.5 本研究的目的和意义
第19-20页
2.试验材料与方法
第20-28页
2.1 试验材料
第20-21页
2.1.1 试验菌种
第20页
2.1.2 主要仪器
第20页
2.1.3 主要试剂
第20页
2.1.4 主要数据库和生物分析软件
第20-21页
2.2 试验方法
第21-23页
2.2.1 菌种复苏
第21页
2.2.2 SE的培养和菌液制备
第21-22页
2.2.3 接种试验及动物样品采集
第22页
2.2.4 盲肠内肠炎沙门氏菌的含菌量统计
第22页
2.2.5 组织总RNA提取
第22-23页
2.2.6 总RNA的质量检测
第23页
2.3 试验样品测序
第23-24页
2.3.1 文库构建
第23页
2.3.2 Hisep2000测序
第23-24页
2.4 测序数据分析
第24-26页
2.4.1 数据预处理
第24页
2.4.2 基因组比对
第24页
2.4.3 基因表达水平定量
第24页
2.4.4 差异基因筛选
第24页
2.4.5 差异表达基因及lncRNA靶基因的GO富集分析
第24-25页
2.4.6 差异表达基因及lncRNA靶基因的KEGG富集分析
第25页
2.4.7 lncRNA表达差异分析
第25页
2.4.8 差异lncRNA的筛选
第25页
2.4.9 lncRNA靶基因的预测
第25页
2.4.10 lncRNA与mRNA共表达分析
第25-26页
2.5 差异表达的lncRNA的qRT-PCR验证
第26-28页
2.5.1 总RNA反转录
第26-27页
2.5.2 荧光定量PCR(qRT-PCR)
第27-28页
3.结果与分析
第28-54页
3.1 RNA质量检测
第28页
3.2 lncRNA测序及数据生物信息学分析
第28-30页
3.2.1 核糖体RNA的去除
第28-30页
3.2.2 Reads分布
第30页
3.3 差异基因的筛选与分布
第30-31页
3.4 差异表达基因的KEGG分析
第31-32页
3.5 差异基因的GO分析
第32-37页
3.6 上下调基因的KEGG分析
第37-41页
3.7 上下调基因的GO分析
第41-48页
3.8 lncRNA表达差异分析
第48-49页
3.9 差异表达lncRNA靶基因预测
第49-52页
3.9.1 差异表达lncRNA靶基因的KEGG分析
第51-52页
3.9.2 差异表达lncRNA靶基因的GO功能注释
第52页
3.10 lncRNA与mRNA共表达分析
第52-53页
3.11 lncRNA的qRT-PCR结果
第53-54页
4.讨论
第54-57页
5.结论
第57-58页
参考文献
第58-62页
致谢
第62页
本篇论文共
62
页,
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。
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