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肠炎沙门氏菌感染后SPF白来航鸡和济宁百日鸡盲肠lncRNA表达谱分析
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肠炎沙门氏菌感染后SPF白来航鸡和济宁百日鸡盲肠lncRNA表达谱分析
论文目录
 
中文摘要第1-11页
Abstract第11-14页
1.前言第14-20页
　　1.1 lncRNA的研究进展及应用第14-16页
　　　　1.1.1 lncRNA的发现第14-15页
　　　　1.1.2 lncRNA的作用机制第15页
　　　　1.1.3 lncRNA在病毒感染中的调控第15-16页
　　　　1.1.4 lncRNA与肿瘤发生第16页
　　1.2 lncRNA的研究展望第16-17页
　　1.3 沙门氏菌病研究进展第17-18页
　　　　1.3.1 肠炎沙门氏菌的致病机制第17页
　　　　1.3.2 鸡肠炎沙门氏菌的诊断方法第17-18页
　　　　1.3.3 鸡肠炎沙门氏菌病主要的防治技术第18页
　　　　1.3.4 肠炎沙门氏菌的致病性及公共卫生学意义第18页
　　1.4 抗病遗传育种研究进展第18-19页
　　　　1.4.1 抗病育种的意义第18页
　　　　1.4.2 抗病性的遗传基础第18-19页
　　　　1.4.3 家禽遗传育种途径第19页
　　1.5 本研究的目的和意义第19-20页
2.试验材料与方法第20-28页
　　2.1 试验材料第20-21页
　　　　2.1.1 试验菌种第20页
　　　　2.1.2 主要仪器第20页
　　　　2.1.3 主要试剂第20页
　　　　2.1.4 主要数据库和生物分析软件第20-21页
　　2.2 试验方法第21-23页
　　　　2.2.1 菌种复苏第21页
　　　　2.2.2 SE的培养和菌液制备第21-22页
　　　　2.2.3 接种试验及动物样品采集第22页
　　　　2.2.4 盲肠内肠炎沙门氏菌的含菌量统计第22页
　　　　2.2.5 组织总RNA提取第22-23页
　　　　2.2.6 总RNA的质量检测第23页
　　2.3 试验样品测序第23-24页
　　　　2.3.1 文库构建第23页
　　　　2.3.2 Hisep2000测序第23-24页
　　2.4 测序数据分析第24-26页
　　　　2.4.1 数据预处理第24页
　　　　2.4.2 基因组比对第24页
　　　　2.4.3 基因表达水平定量第24页
　　　　2.4.4 差异基因筛选第24页
　　　　2.4.5 差异表达基因及lncRNA靶基因的GO富集分析第24-25页
　　　　2.4.6 差异表达基因及lncRNA靶基因的KEGG富集分析第25页
　　　　2.4.7 lncRNA表达差异分析第25页
　　　　2.4.8 差异lncRNA的筛选第25页
　　　　2.4.9 lncRNA靶基因的预测第25页
　　　　2.4.10 lncRNA与mRNA共表达分析第25-26页
　　2.5 差异表达的lncRNA的qRT-PCR验证第26-28页
　　　　2.5.1 总RNA反转录第26-27页
　　　　2.5.2 荧光定量PCR(qRT-PCR)第27-28页
3.结果与分析第28-54页
　　3.1 RNA质量检测第28页
　　3.2 lncRNA测序及数据生物信息学分析第28-30页
　　　　3.2.1 核糖体RNA的去除第28-30页
　　　　3.2.2 Reads分布第30页
　　3.3 差异基因的筛选与分布第30-31页
　　3.4 差异表达基因的KEGG分析第31-32页
　　3.5 差异基因的GO分析第32-37页
　　3.6 上下调基因的KEGG分析第37-41页
　　3.7 上下调基因的GO分析第41-48页
　　3.8 lncRNA表达差异分析第48-49页
　　3.9 差异表达lncRNA靶基因预测第49-52页
　　　　3.9.1 差异表达lncRNA靶基因的KEGG分析第51-52页
　　　　3.9.2 差异表达lncRNA靶基因的GO功能注释第52页
　　3.10 lncRNA与mRNA共表达分析第52-53页
　　3.11 lncRNA的qRT-PCR结果第53-54页
4.讨论第54-57页
5.结论第57-58页
参考文献第58-62页
致谢第62页

本篇论文共62页，点击这进入下载页面。
 
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