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烟草野火病菌与角斑病菌LAMP快速检测方法的建立与应用

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烟草野火病菌与角斑病菌LAMP快速检测方法的建立与应用
论文目录
 
中文摘要第11-12页
Abstract第12-14页
1 前言第14-20页
  1.1 烟草概况第14页
  1.2 烟草野火病及角斑病的研究现状第14-16页
    1.2.1 烟草野火病的发生状况第14页
    1.2.2 烟草野火病病原及发病特征第14-15页
    1.2.3 烟草角斑病的发生状况第15页
    1.2.4 烟草角斑病病原及发病特征第15页
    1.2.5 烟草野火病与角斑病侵染循环第15-16页
    1.2.6 烟草野火病与角斑病的防治第16页
  1.3 烟草野火病与角斑病的检测鉴定方法第16-17页
    1.3.1 发病症状观察法第16页
    1.3.2 组织分离法第16-17页
    1.3.3 PCR扩增技术第17页
  1.4 环介导等温扩增技术第17-19页
    1.4.1 LAMP技术原理第17-18页
    1.4.2 环介导等温扩增(LAMP)技术的优点第18页
    1.4.3 环介导等温扩增技术(LAMP)的应用第18-19页
  1.5 本研究的目的及意义第19-20页
2 材料与方法第20-28页
  2.1 试验菌株第20页
  2.2 试验叶片第20页
  2.3 试验试剂第20-21页
  2.4 试验仪器第21页
  2.5 试验方法第21-28页
    2.5.1 试验培养基及试剂的配制第21-22页
    2.5.2 细菌基因组DNA的提取第22页
      2.5.2.1 细菌基因组DNA(gDNA)提取第22页
      2.5.2.2 病菌DNA基因组的粗提取第22页
      2.5.2.3 感病叶片病菌DNA模板的粗制备第22页
    2.5.3 烟草野火病菌和烟草角斑病菌分离与鉴定第22-25页
      2.5.3.1 烟草野火病菌和烟草角斑病菌的分离第22-23页
      2.5.3.2 烟草野火病菌与烟草角斑病菌的鉴定第23-24页
      2.5.3.3 烟草野火病菌与烟草角斑病菌的纯化第24页
      2.5.3.4 烟草角斑病菌的接种验证第24-25页
      2.5.3.5 烟草野火病菌与烟草角斑病菌的保存第25页
    2.5.4 烟草野火病菌与烟草角斑病菌特异性区段的获取第25-26页
      2.5.4.1 烟草野火病菌特异性区段的获取及普通PCR引物设计第25页
      2.5.4.2 烟草野火病普通PCR引物特异性验证第25页
      2.5.4.3 利用特异性引物反向寻找烟草野火病菌的特异性区段第25-26页
      2.5.4.4 烟草角斑病菌特异性区段的获取第26页
    2.5.5 LAMP引物设计第26页
    2.5.6 LAMP初始反应体系的建立第26-27页
    2.5.7 LAMP引物适用性验证第27页
    2.5.8 LAMP反应体系反应物使用浓度及反应条件的优化第27页
    2.5.9 LAMP反应体系染色染料的选择第27页
    2.5.10 LAMP反应体系灵敏性检测第27页
    2.5.11 LAMP反应体系可靠性的验证第27-28页
3 结果与分析第28-61页
  3.1 烟草角斑病菌的分离与鉴定第28页
  3.2 烟草角斑病菌的纯化第28-29页
  3.3 烟草角斑病菌的接种验证第29页
  3.4 烟草野火病菌特异性区段的获取第29-36页
  3.5 烟草野火病菌普通PCR引物的设计第36-38页
  3.6 烟草野火病普通PCR引物的特异性验证第38-40页
  3.7 烟草野火病菌反向寻找特异性区段第40-41页
  3.8 烟草角斑病菌特异性区段的获取第41-43页
  3.9 烟草野火病菌和烟草角斑病菌LAMP引物设计第43-44页
  3.10 LAMP反应体系的建立及LAMP引物适用性试验第44-45页
  3.11 LAMP反应体系反应物使用浓度及反应条件的优化第45-54页
    3.11.1 烟草野火病LAMP检测体系反应物使用浓度及反应条件的优化第45-50页
      3.11.1.1 BstDNAPolymerase使用量的优化第45-46页
      3.11.1.2 dNTP使用浓度的优化第46页
      3.11.1.3 Mg2+使用浓度的优化第46-47页
      3.11.1.4 甜菜碱使用浓度的优化第47-48页
      3.11.1.5 反应温度的优化第48页
      3.11.1.6 内外引物浓度配比优化第48-49页
      3.11.1.7 反应时间的优化第49-50页
    3.11.2 烟草角斑病LAMP检测体系反应物使用浓度及反应条件的优化第50-54页
      3.11.2.1 BstDNAPolymerase使用量的优化第50页
      3.11.2.2 dNTP使用浓度的优化第50-51页
      3.11.2.3 Mg2+使用浓度的优化第51-52页
      3.11.2.4 甜菜碱使用浓度的优化第52页
      3.11.2.5 反应温度的优化第52-53页
      3.11.2.6 内外引物浓度配比优化第53-54页
      3.11.2.7 反应时间的优化第54页
  3.12 LAMP反应体系染色染料的选择第54-55页
  3.13 LAMP反应灵敏性检测第55-56页
  3.14 LAMP反应所需的病株材料使用方法的优化第56-57页
  3.15 LAMP检测体系可靠性检测第57-61页
4 讨论第61-63页
  4.1 LAMP检测体系染料选择第61页
  4.2 反应加样时避免污染第61-62页
  4.3 加样环境的选择第62页
  4.4 大田检测时加样第62-63页
5 结论第63-64页
6 参考文献第64-70页
7 附录第70-75页
8 致谢第75-76页
9 攻读学位期间发表论文情况第76页

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