论文目录 | |
| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-19页 |
| 缩略词表 | 第19-21页 |
| 第一章 引言 | 第21-27页 |
| 1.1 国内外研究现状 | 第21-22页 |
| 1.2 研究的目的和意义 | 第22-23页 |
| 1.3 研究内容与技术路线 | 第23-26页 |
| 1.3.1 研究内容 | 第23-24页 |
| 1.3.2 技术路线 | 第24-26页 |
| 1.4 研究目标 | 第26-27页 |
| 第二章 猪繁殖与呼吸综合征病毒感染猪肺泡巨噬细胞的转录组学分析 | 第27-73页 |
| 2.1 前言 | 第27-29页 |
| 2.2 材料与方法 | 第29-34页 |
| 2.2.1 材料 | 第29-31页 |
| 2.2.2 方法 | 第31-34页 |
| 2.3 结果与分析 | 第34-69页 |
| 2.3.1 PRRSV的浓缩及样品准备 | 第34页 |
| 2.3.2 PRRSV感染各组猪肺泡巨噬细胞RNA的质量检测 | 第34-35页 |
| 2.3.3 PRRSV感染各组样品深度测序原始数据的质量评估 | 第35-37页 |
| 2.3.4 PRRSV感染各组测序原始数据去低质量处理及分析 | 第37-38页 |
| 2.3.5 PRRSV感染各组过滤数据中已知核糖体RNA的去除 | 第38-39页 |
| 2.3.6 PRRSV感染各组与参考基因组的比对及全基因组reads分布图谱分析 | 第39-40页 |
| 2.3.7 PRRSV感染各组注释mRNA的鉴定及表达差异分析 | 第40-43页 |
| 2.3.8 PRRSV感染各组间差异基因的Gene Ontology(GO)基因功能富集分析 | 第43-48页 |
| 2.3.9 PRRSV感染各组间差异基因的KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)生物通路富集分析 | 第48-52页 |
| 2.3.10 PRRSV感染过程中PAMs免疫相关基因的转录分析 | 第52-62页 |
| 2.3.11 PRRSV感染各组注释lncRNA的鉴定及表达差异分析 | 第62-63页 |
| 2.3.12 PRRSV感染各组新lncRNA的鉴定及表达差异分析 | 第63-65页 |
| 2.3.13 PRRSV感染过程中显著变化lncRNAs的功能预测 | 第65-67页 |
| 2.3.14 测序结果的部分验证 | 第67-69页 |
| 2.4 讨论 | 第69-71页 |
| 2.5 小结 | 第71-73页 |
| 第三章 干扰素刺激猪肺泡巨噬细胞的转录组学分析 | 第73-109页 |
| 3.1 前言 | 第73-74页 |
| 3.2 材料与方法 | 第74-77页 |
| 3.2.1 材料 | 第74-75页 |
| 3.2.2 方法 | 第75-77页 |
| 3.3 结果与分析 | 第77-106页 |
| 3.3.1 IFN-α刺激浓度的摸索 | 第77-78页 |
| 3.3.2 IFN-α刺激各组猪肺泡巨噬细胞内RNA的质量检测 | 第78-79页 |
| 3.3.3 IFN-α刺激各组样品深度测序原始数据的质量评估 | 第79页 |
| 3.3.4 IFN-α刺激各组测序原始数据去低质量处理及分析 | 第79-81页 |
| 3.3.5 IFN-α刺激各组过滤数据中已知核糖体RNA的去除 | 第81页 |
| 3.3.6 IFN-α刺激各组与参考基因组的比对及全基因组reads分布图谱分析 | 第81-82页 |
| 3.3.7 IFN-α刺激各组注释mRNA的鉴定及表达差异分析 | 第82-83页 |
| 3.3.8 IFN-α刺激各组间差异基因的Gene Ontology(GO)基因功能富集分析 | 第83-86页 |
| 3.3.9 IFN-α刺激各组间差异基因的KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)生物通路富集分析 | 第86-89页 |
| 3.3.10 IFN-α刺激过程中影响猪肺泡巨噬细胞免疫功能的基因分析 | 第89-94页 |
| 3.3.11 IFN-α刺激各组注释lncRNA的鉴定及表达差异分析 | 第94-95页 |
| 3.3.12 IFN-α刺激各组新lncRNA的鉴定及表达差异分析 | 第95-97页 |
| 3.3.13 IFN-α刺激过程中PAMs中显著上调的已知lncRNAs的功能预测 | 第97-105页 |
| 2.3.14 测序结果的部分验证 | 第105-106页 |
| 3.4 讨论 | 第106-107页 |
| 3.5 小结 | 第107-109页 |
| 第四章 猪繁殖与呼吸综合征病毒感染与猪源干扰素刺激猪肺泡巨噬细胞的转录组学差异分析 | 第109-121页 |
| 4.1 前言 | 第109-110页 |
| 4.2 结果与分析 | 第110-118页 |
| 4.2.1 PRRSV感染与IFN-α刺激组间显著变化基因的比较 | 第110-113页 |
| 4.2.2 IFN-α刺激6h组与PRRSV感染9h组转录差异分析 | 第113-118页 |
| 4.3 讨论 | 第118-120页 |
| 4.5 小结 | 第120-121页 |
| 第五章 影响猪繁殖与呼吸综合征病毒非结构蛋白在细胞内定位的基序的鉴定及功能分析 | 第121-160页 |
| 5.1 前言 | 第122-123页 |
| 5.2 材料与方法 | 第123-139页 |
| 5.2.1 材料 | 第123-125页 |
| 5.2.2 方法 | 第125-139页 |
| 5.3 结果与分析 | 第139-157页 |
| 5.3.1 PRRSV JXwn6 Nsp1β赖氨酸突变质粒的构建及其蛋白表达鉴定 | 第139-140页 |
| 5.3.2 PRRSV JXwn6 Nsp1β单点赖氨酸突变质粒的构建及其蛋白表达鉴定 | 第140-142页 |
| 5.3.3 PRRSV Nsp1β GKYLQRRLQ基序氨基酸突变对剪切带产生的影响 | 第142页 |
| 5.3.4 PRRSV Nsp1β第124位临近氨基酸突变对剪切带产生的影响 | 第142-143页 |
| 5.3.5 PRRSV Nsp1β第124位赖氨酸突变对剪切带产生的影响 | 第143页 |
| 5.3.6 激光共聚焦检测Nsp1β第124位赖氨基酸突变体对其细胞内定位的影响 | 第143-144页 |
| 5.3.7 双荧光素报告系统检测Nsp1β关键氨基酸突变对其抑制IFN-β转录活性的影响 | 第144-145页 |
| 5.3.8 PRRSV Nsp1β第200位赖氨酸突变对修饰条带产生的影响 | 第145页 |
| 5.3.9 PRRSV Nsp1β第200位赖氨酸突变为甘氨酸和丙氨酸对其细胞定位的影响 | 第145-146页 |
| 5.3.10 PRRSV Nsp1β的C端延伸域缺失对其细胞定位的影响 | 第146页 |
| 5.3.11 PRRSV JXwn06 Nsp1β C端延伸域氨基酸三点突变质粒的构建及细胞定位分析 | 第146-148页 |
| 5.3.12 PRRSV JXwn06 Nsp1β第194至197位,第201至203位氨基酸单点突变质粒的构建及细胞定位分析 | 第148-149页 |
| 5.3.13 PRRSV Ⅰ型和Ⅱ型经典毒株Nsp1β FxFxxxKWYG基序的鉴定 | 第149-150页 |
| 5.3.14 Nsp1β FxFxxxKWYG基序缺失对其细胞定位的影响 | 第150-151页 |
| 5.3.15 双荧光素报告系统检测Nsp1β FxFxxxKWYG基序中关键氨基酸突变对其抑制IFN-β转录活性的影响 | 第151-152页 |
| 5.3.16 动脉炎病毒Nsp1/Nsp1β/Nsp1αβ C末端氨基酸序列比较 | 第152页 |
| 5.3.17 PRRSV JXwn06 Nsp1β突变体真核表达载体的构建 | 第152-153页 |
| 5.3.18 表达Nsp1β各突变体的JXwn06全长cDNA质粒的构建 | 第153页 |
| 5.3.19 PRRSV JXwn06 Nsp1β各突变体病毒的拯救 | 第153-154页 |
| 5.3.20 PRRSV JXwn06 Nsp1β各突变体拯救病毒的鉴定 | 第154页 |
| 5.3.21 拯救病毒在MARC-145细胞上的增殖特性 | 第154-155页 |
| 5.3.22 拯救病毒感染MARC-145细胞不同时相Nsp1β的细胞定位分析 | 第155-157页 |
| 5.4 讨论 | 第157-159页 |
| 5.5 小结 | 第159-160页 |
| 第六章 结论 | 第160-161页 |
| 第七章 创新点 | 第161-162页 |
| 第八章 文献综述 猪繁殖与呼吸综合征病毒感染猪肺泡巨噬细胞的组学研究 | 第162-171页 |
| 8.1 猪繁殖与呼吸综合征病毒和猪肺泡巨噬细胞 | 第162-163页 |
| 8.2 与PRRSV和PAM相互作用相关的转录组学研究 | 第163-168页 |
| 8.3 与PRRSV和PAM相互作用相关的蛋白组学研究 | 第168-170页 |
| 8.4 总结与展望 | 第170-171页 |
| 参考文献 | 第171-185页 |
| 致谢 | 第185-187页 |
| 附录 | 第187-213页 |
| 作者简历 | 第213页 |
