肠球菌属模式株比较基因组分析及发酵食品中粪肠球菌多位点序列分型研究 |
论文目录 | | | 摘要 | 第1-4页 | | Abstract | 第4-9页 | | 缩略语表 | 第9-10页 | | 1 引言 | 第10-16页 | | · 肠球菌属 | 第10-12页 | | · 肠球菌属的命名及分类 | 第10-11页 | | · 肠球菌的基本特征及分布 | 第11页 | | · 肠球菌在食品中的应用与争议 | 第11-12页 | | · 肠球菌属的模式种-粪肠球菌 | 第12页 | | · 乳酸菌比较基因组学 | 第12-14页 | | · 比较基因组学 | 第12-13页 | | · 乳酸菌比较基因组学 | 第13-14页 | | · 乳酸菌种内比较基因组学 | 第13-14页 | | · 乳酸菌种间比较基因组学 | 第14页 | | · 多位点序列分型技术及其在乳酸菌进化中的应用 | 第14-15页 | | · 多位点序列分型技术 | 第14-15页 | | · 多位点分型技术在乳酸菌分类和遗传进化研究中的应用 | 第15页 | | · 多位点分型技术在粪肠球菌的分型和遗传进化研究中的应用 | 第15页 | | · 立题意义与研究内容 | 第15-16页 | | · 立题意义 | 第15-16页 | | · 研究内容 | 第16页 | | 2 肠球菌全基因组比较分析 | 第16-49页 | | · 材料与方法 | 第16-20页 | | · 肠球菌菌株来源 | 第16-18页 | | · 主要试剂 | 第18页 | | · 主要仪器设备 | 第18-19页 | | · 生物信息学分析软件 | 第19页 | | · 实验方法 | 第19-20页 | | · 菌株活化及基因组DNA的提取 | 第19页 | | · 基因组测序、组装和基因预测 | 第19-20页 | | · 基因组平均核苷酸一致性的计算 | 第20页 | | · 肠球菌属泛基因组,核心基因组的构建和进化分析 | 第20页 | | · 肠球菌毒力因子检索分析 | 第20页 | | · 结果分析及讨论 | 第20-49页 | | · 肠球菌属模式菌株基因组测序信息及基本特征 | 第20-22页 | | · 肠球菌基因组平均核苷酸一致性分析 | 第22-25页 | | · 肠球菌属核心基因组,泛基因组以及菌株特异性基因 | 第25-28页 | | · 肠球菌系统发育关系和进化研究 | 第28-49页 | | · 利用16S rRNA核酸序列构建的系统发育树 | 第28-30页 | | · 利用核心基因序列构建的系统发育树 | 第30-32页 | | · 肠球菌属内进化研究 | 第32-34页 | | · 肠球菌基因组功能分析 | 第34-49页 | | · 碳水化合物代谢 | 第38-41页 | | · 肠球菌应激反应系统 | 第41-43页 | | · 肠球菌毒力因子 | 第43-48页 | | · 抗生素抗性 | 第48-49页 | | 3 发酵食品中粪肠球菌多位点序列分型分析 | 第49-62页 | | · 材料与方法 | 第49-52页 | | · 菌株来源 | 第49-50页 | | · 常用培养基及试剂 | 第50-51页 | | · 主要仪器设备 | 第51页 | | · 生物信息学分析软件 | 第51-52页 | | · 试验方法 | 第52-54页 | | · MLST基因选取和引物设计 | 第52页 | | · 菌株活化和DNA提取 | 第52页 | | · MLST目的基因的扩增和测序 | 第52-53页 | | · MLST数据分析 | 第53-54页 | | · 结果分析与讨论 | 第54-62页 | | · MLST目的基因片段的测序结果 | 第54-55页 | | · 粪肠球菌的序列型 | 第55-56页 | | · 等位基因的连锁不平衡和重组分析 | 第56-58页 | | · 序列型EBURST分析 | 第58-60页 | | · 不同序列型与分离源关联分析 | 第60-62页 | | 4 结论 | 第62-64页 | | 5 本论文主要创新点 | 第64-65页 | | 致谢 | 第65-66页 | | 参考文献 | 第66-78页 | | 作者简介 | 第78页 |
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