论文目录 | |
| 第一章 绪论 | 第10-36
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| §· 引言 | 第10-12
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| §· 分子生物学概论 | 第12-18
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| §· 核酸、蛋白质和遗传信息 | 第12-15
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| §· 中心法则、遗传密码和变异 | 第15-17
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| §· 系统发育分析 | 第17-18
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| §· 序列比对方法及多序列比对算法研究进展 | 第18-31
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| §· 渐进比对(Progressive alignment)算法 | 第21-27
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| §· 迭代比对算法(Iterative alignment) | 第27-31
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| §· 国内研究现状 | 第31-32
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| §· 本文主要研究内容及组织方式 | 第32-36
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| 第二章 迭代渐进多序列比对算法IPMSA | 第36-56
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| §· 概述 | 第36-41
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| §· ClustalW算法的优缺点 | 第41-44
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| §· 一个新的迭代渐进多序列比对算法IPMSA | 第44-46
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| §· 多序列比对算法评价基准数据集BAliBASE以及评价标准 | 第46-49
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| §· 多序列比对算法评价基准数据集BAliBASE | 第46-48
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| §· 多序列比对算法评价标准SPS、CS | 第48-49
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| §· 统计有效性(Statistical validation) | 第49
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| §· 与其它比对算法的比较研究 | 第49-51
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| §· 在lidy上的应用 | 第51-54
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| §· 本章小结 | 第54-56
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| 第三章 基于信息差异度量的多序列比对算法MASID | 第56-72
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| §· 引言 | 第56-57
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| §· 信息差异度量方法 | 第57-63
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| §· 完全信息集CIS | 第57-58
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| §· FDOD函数 | 第58-61
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| §· 蛋白质序列、比对序列的完全信息集以及FDOD函数在距离计算中的应用 | 第61-63
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| §· MSAID算法 | 第63-65
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| §· 和其他多序列比对算法的比较研究 | 第65-66
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| §· 比较结果 | 第66-69
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| §· MSAID-1与ClustalW的比较 | 第66
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| §· 与类似的迭代渐进比对算法的比较 | 第66-67
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| §· 与其他多序列比对方法的比较 | 第67-68
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| §· FDOD度量的有效性 | 第68-69
页 |
| §· 应用到1r69 | 第69-71
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| §· 本章小结 | 第71-72
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| 第四章 重构全基因组系统发育树方法FNJ | 第72-86
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| §· 概述 | 第72-74
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| §· 构建系统发育树的方法 | 第74-77
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| §· DNA序列之间距离的一种度量 | 第77-81
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| §· 基于信息差异度量重构全基因组系统发育树方法FNJ | 第81-82
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| §· FNJ方法在SARS冠状病毒与其他冠状病毒种系进化分析中的应用 | 第82-84
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| §· 本章小结 | 第84-86
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| 第五章 生物信息学多序列比对算法研究系统 | 第86-94
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| §· 系统目标及功能 | 第86-87
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| §· 系统功能模块划分 | 第87-93
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| §· 序列文件管理 | 第88-89
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| §· 序列比对算法选择 | 第89-90
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| §· 基于BAliBASE的算法评估 | 第90-91
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| §· 重构系统发育树 | 第91-92
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| §· 其他辅助功能 | 第92-93
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| §· 本章小结 | 第93-94
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| 第六章 结论与展望 | 第94-97
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| 参考文献： | 第97-109
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| 作者攻读博士学位期间参加的科研项目和发表的学术论文 | 第109-110
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| 学位论文创新点摘要 | 第110-111
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| 致谢 | 第111-112
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| 大连理工大学学位论文版权使用授权书 | 第112
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