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家蚕基因组中50-500nt非编码RNA的发现鉴定及表达谱研究

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家蚕基因组中50-500nt非编码RNA的发现鉴定及表达谱研究
论文目录
 
摘要第1-9页
ABSTRACT第9-12页
第一章 文献综述:非编码RNA的研究概况第12-30页
  1. 非编码RNA的分类第12-13页
    · 依据序列长度分类第12页
    · 依据细胞定位分类第12-13页
  2. 小于50nt的ncRNA研究进展第13-15页
  3. 50-500nt的ncRNA研究进展第15-23页
    · snoRNA的种类和结构第16-19页
      · C/D box snoRNA第16-17页
      · H/ACA box snoRNA第17-19页
      · RNase MRP snoRNA第19页
    · snoRNA的基因组织形式第19-21页
      · 独立转录的snoRNA基因第20页
      · 内含子编码的snoRNA基因第20-21页
      · snoRNA基因簇第21页
    · 50-500 nt ncRNA的功能研究进展第21-23页
  4. 大于500nt的ncRNA研究进展第23-25页
  5. ncRNA研究技术进展第25-27页
    · 生物信息学预测第25-26页
    · 通过测序鉴定新的非编码RNA第26-27页
    · ncRNA功能研究方法第27页
  6. 非编码RNA在昆虫中的研究进展第27-30页
第二章 家蚕50-500nt ncRNA的cDNA文库构建第30-50页
  1. 材料与方法第31-40页
    · 供试家蚕第31页
    · 家蚕饲养第31页
    · 家蚕样品收集第31页
    · 实验方法第31-40页
      · 总RNA的提取第31-32页
      · 50-500nt RNA的分离第32页
      · mRNA的去除第32页
      · 核糖体RNA的去除第32-34页
      · 小片段RNA去磷酸化第34-35页
      · 3'adaptor连接第35页
      · 磷酸化和去帽修饰第35-36页
      · 5'adaptor连接第36页
      · 50-500nt ncRNA的cDNA文库克隆第36-40页
  2. 结果与分析第40-46页
    · RNA提取及50-500nt RNA的cDNA文库构建第40-45页
    · 测序结果第45-46页
  3. 结论与讨论第46-48页
  本章小结第48-50页
第三章 家蚕基因组中新的ncRNA的鉴定及转录本研究第50-64页
  1. 材料与方法第51-52页
    · 家蚕基因组中新ncRNA的鉴定第51页
    · 家蚕ncRNA的基因组定位第51页
    · ncRNA二级结构分析第51页
    · ncRNA的保守性分析第51-52页
    · ncRNA靶基因预测第52页
  2. 结果与分析第52-57页
    · 家蚕新ncRNA的鉴定及归类第52页
    · 家蚕特异性ncRNA第52-53页
    · 新ncRNA的基因组定位及基因组织形式第53页
    · 内含子起源的ncRNA与宿主基因的相互关系第53-54页
    · 新的ncRNA靶基因预测第54-57页
  3. 结论与讨论第57-63页
    · 特殊种类的ncRNA的发现第57-58页
    · 家蚕特异的ncRNA第58-59页
    · 家蚕中ncRNA的基因组织形式第59-61页
    · 可能指导tRNA和mRNA修饰的ncRNA第61-63页
  本章小结第63-64页
第四章 家蚕新的ncRNA的表达谱研究第64-86页
  1. 材料与方法第65-74页
    · ncRNA表达谱芯片第65-70页
      · 芯片探针设计与合成第65-69页
      · RNA样品准备第69页
      · 芯片杂交第69-70页
    · Norhtern杂交第70-71页
      · 探针准备第70-71页
      · Northern杂交第71页
    · ncRNA Real-time PCR第71-72页
    · 编码基因半定量RT-PCR第72-74页
  2. 结果与分析第74-81页
    · ncRNA的在家蚕不同发育虫态的表达谱第74-80页
    · ncRNA在家蚕同一虫态不同时期的表达情况第80-81页
  3. 结论与讨论第81-84页
  本章小结第84-86页
全文结论第86-88页
参考文献第88-102页
附录第102-104页
攻读博士期间发表论文情况第104-106页
致谢第106-107 页

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