论文目录 | |
| 个人简历 | 第1-9页 |
| 摘要 | 第9-12页 |
| ABSTRACT | 第12-14页 |
| 前言 | 第14-16页 |
| 第一章 基于RNA-seq挖掘胚胎停育相关的关键基因 | 第16-37页 |
| 1.1 实验材料 | 第16-19页 |
| 1.1.1 实验对象和样本 | 第16-18页 |
| 1.1.2 主要试剂和主要实验仪器 | 第18-19页 |
| 1.2 实验方法 | 第19-23页 |
| 1.2.1 绒毛组织采集 | 第19页 |
| 1.2.2 绒毛组织RNA提取 | 第19-21页 |
| 1.2.3 建库测序方法与流程 | 第21-23页 |
| 1.3 RNA-seq数据处理及生信分析方法与流程 | 第23-30页 |
| 1.3.1 数据库介绍 | 第23-24页 |
| 1.3.2 转录组测序原始数据质控 | 第24页 |
| 1.3.3 信息分析部分主要分成三个模块 | 第24-25页 |
| 1.3.4 新基因注释以及差异表达的mRNA的定义 | 第25-26页 |
| 1.3.5 差异表达基因的KEGG富集分析 | 第26页 |
| 1.3.6 差异表达基因的GO富集分析 | 第26-27页 |
| 1.3.7 差异表达基因q-PCR验证 | 第27-30页 |
| 1.4 结果与分析 | 第30-35页 |
| 1.4.1 差异表达基因的筛选 | 第30-32页 |
| 1.4.2 差异表达基因的q-PCR验证 | 第32-33页 |
| 1.4.3 GO富集分析和KEGG pathway分析 | 第33-35页 |
| 1.5 讨论 | 第35-36页 |
| 1.6 小结 | 第36-37页 |
| 第二章 基于small RNA-seq挖掘胚胎停育相关的关键miRNA | 第37-64页 |
| 2.1 实验材料 | 第37-38页 |
| 2.1.1 实验对象和样本 | 第37页 |
| 2.1.2 主要试剂和主要实验仪器 | 第37-38页 |
| 2.2 实验方法 | 第38-39页 |
| 2.2.1 绒毛组织采集 | 第38页 |
| 2.2.2 绒毛组织RNA提取与质量检测 | 第38页 |
| 2.2.3 建库测序方法与流程 | 第38-39页 |
| 2.3 small RNA-seq数据处理及生信分析方法与流程 | 第39-52页 |
| 2.3.1 信息分析部分主要分成三个模块： | 第39-40页 |
| 2.3.2 测序评估及数据质量 | 第40-44页 |
| 2.3.3 比对GenBank | 第44-46页 |
| 2.3.4 比对基因组 | 第46-48页 |
| 2.3.5 小RNA鉴定注释 | 第48-49页 |
| 2.3.6 小RNA表达分析 | 第49-50页 |
| 2.3.7 差异表达的miRNA的定义 | 第50页 |
| 2.3.8 小RNA靶基因预测及富集分析 | 第50页 |
| 2.3.9 miRNA stem-loop RT-PCR验证 | 第50-52页 |
| 2.4 small RNA测序结果 | 第52-58页 |
| 2.4.1 差异表达miRNA的筛选 | 第52-55页 |
| 2.4.2 差异表达miRNA q-PCR验证 | 第55页 |
| 2.4.3 靶基因预测及小RNA靶基因Pathway富集分析 | 第55-57页 |
| 2.4.4 差异小RNA靶基因GO富集分析 | 第57-58页 |
| 2.5 整合分析RNA-seq与small RNA-seq | 第58-61页 |
| 2.6 讨论 | 第61-63页 |
| 2.7 小结 | 第63-64页 |
| 第三章 过表达miRNA-518b抑制靶基因EGR1的表达从而抑制滋养细胞的迁移和血管生成能力 | 第64-120页 |
| 3.1 早期胚胎停育患者绒毛组织miR-518b表达增加EGR1减少 | 第65-71页 |
| 3.1.1 实验方法 | 第65-69页 |
| 3.1.2 实验结果 | 第69-71页 |
| 3.1.3 讨论 | 第71页 |
| 3.1.4 小结 | 第71页 |
| 3.2 miR-518b直接靶向EGR1 mRNA的3'非翻译区（UTR） | 第71-88页 |
| 3.2.1 主要试验试剂及及仪器 | 第71-72页 |
| 3.2.2 实验方法 | 第72-85页 |
| 3.2.3 实验结果 | 第85-87页 |
| 3.2.4 讨论 | 第87-88页 |
| 3.2.5 小结 | 第88页 |
| 3.3 miR-518b靶向EGR1抑制HTR8/Svneo细胞的迁移和成血管能力 | 第88-97页 |
| 3.3.1 实验方法 | 第88-92页 |
| 3.3.2 试验结果 | 第92-96页 |
| 3.3.3 讨论 | 第96页 |
| 3.3.4 小结 | 第96-97页 |
| 3.4 沉默EGR1能够抑制VEGF的表达从而抑制HTR8/SVneo细胞的迁移和血管生成能力 | 第97-105页 |
| 3.4.1 实验方法 | 第97-98页 |
| 3.4.2 试验结果 | 第98-104页 |
| 3.4.3 讨论 | 第104-105页 |
| 3.4.4 小结 | 第105页 |
| 3.5 过表达EGR1能拯救表达miR-518b的HTR8/SVneo细胞VEGF的表达从而拯救细胞的迁移和血管生成能力 | 第105-110页 |
| 3.5.1 实验方法 | 第105-106页 |
| 3.5.2 试验结果 | 第106-110页 |
| 3.5.3 讨论 | 第110页 |
| 3.5.4 小结 | 第110页 |
| 3.6 miR-518b/EGR1/VEGF参与HTR8/SVneo细胞迁移和血管生成的缺氧过程 | 第110-118页 |
| 3.6.1 试验方法 | 第110-111页 |
| 3.6.2 试验结果 | 第111-116页 |
| 3.6.3 讨论 | 第116-118页 |
| 3.6.4 小结 | 第118页 |
| 3.7 本章总结 | 第118-120页 |
| 全文总结 | 第120-122页 |
| 参考文献 | 第122-132页 |
| 附录 | 第132-140页 |
| 附录1 190个差异表达的基因 | 第132-139页 |
| 附录2 英文缩略词 | 第139-140页 |
| 综述 | 第140-155页 |
| 参考文献 | 第147-155页 |
| 致谢 | 第155-156页 |
| 攻读博士研究生期间撰写的文章与参加的科研项目 | 第156-157页 |
