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转录调控网络功能模块结构分析与模块识别算法研究

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转录调控网络功能模块结构分析与模块识别算法研究
论文目录
 
摘要第1-6页
Abstract第6-9页
目录第9-13页
表目录第13-14页
图目录第14-16页
注释表第16-18页
第1章 绪论第18-38页
  1.1 研究背景第18-22页
    1.1.1 系统生物学中的复杂网络第18-20页
    1.1.2 转录调控过程及调控网络第20-22页
  1.2 课题研究的必要性及意义第22-24页
  1.3 国内外研究现状及挑战第24-34页
    1.3.1 转录调控网络结构分析第24-26页
    1.3.2 复杂网络模块识别算法第26-34页
  1.4 论文的主要工作与创新第34-35页
  1.5 论文的结构第35-38页
第2章 转录调控网络功能模块定义及结构特征分析第38-60页
  2.1 引言第38-39页
  2.2 转录调控网络的构建第39-40页
  2.3 基于 MulLevFun 目录的代谢子网提取第40-44页
  2.4 网络结构特征比较分析第44-58页
    2.4.1 度分布第44-47页
    2.4.2 接近度分布第47-49页
    2.4.3 介数分布第49-52页
    2.4.4 全局和局部聚类系数第52-55页
    2.4.5 自相称性和混合相称性第55-58页
  2.5 本章小结第58-60页
第3章 基于边相似度的模块识别算法第60-72页
  3.1 引言第60-61页
  3.2 相关定义及方法第61-65页
    3.2.1 边相似度第61-63页
    3.2.2 基于矩阵理论的层次聚类算法第63-64页
    3.2.3 模块划分密度 QD第64-65页
    3.2.4 Floyd-Warshall 最短路径计算方法第65页
  3.3 OMDL 算法的模块识别过程第65-67页
    3.3.1 生成边网络第65-66页
    3.3.2 模块划分密度 QD 的最优化第66-67页
  3.4 实验结果与讨论第67-71页
    3.4.1 实验数据第67-68页
    3.4.2 OMDL 算法识别结果分析第68-70页
    3.4.3 与相关算法比较第70-71页
  3.5 本章小结第71-72页
第4章 基于边网络的快速模块识别算法第72-84页
  4.1 引言第72页
  4.2 相关定义及方法第72-75页
    4.2.1 边相似度第72-73页
    4.2.2 基于图论的层次聚类方法第73-74页
    4.2.3 模块度 Qwo第74-75页
    4.2.4 SPFA 最短路径计算方法第75页
  4.3 FOMDL 算法的模块识别过程第75-77页
    4.3.1 生成边网络第75-76页
    4.3.2 模块度 Q_(wo)优化第76-77页
  4.4 实验结果与讨论第77-82页
    4.4.1 实验数据第77-78页
    4.4.2 FOMDL 算法识别结果分析第78-80页
    4.4.3 与相关算法比较第80-82页
  4.5 本章小结第82-84页
第5章 基于三元组分布特征的模块识别算法第84-100页
  5.1 引言第84页
  5.2 相关定义及方法第84-91页
    5.2.1 网络模体和三元组第85页
    5.2.2 三元组中节点的权值第85-86页
    5.2.3 基于三元组的边特征值第86-88页
    5.2.4 边相似度第88-89页
    5.2.5 k-均值聚类算法第89-90页
    5.2.6 模块划分密度第90页
    5.2.7 A*最短路径计算方法第90-91页
  5.3 OMDT 算法的模块识别过程第91-92页
    5.3.1 计算边的特征值第91页
    5.3.2 最佳分类值 k第91-92页
  5.4 实验结果与讨论第92-99页
    5.4.1 实验数据第92-93页
    5.4.2 OMDT 算法识别结果分析第93-97页
    5.4.3 与相关算法比较第97-99页
  5.5 本章小结第99-100页
第6章 总结与展望第100-102页
  6.1 总结第100-101页
  6.2 展望第101-102页
参考文献第102-116页
攻读博士学位期间发表的学术论文第116-118页
致谢第118页

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