基于功能基因网络的杨树基因功能注释平台PoplarGene及其应用
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基于功能基因网络的杨树基因功能注释平台PoplarGene及其应用
论文目录
摘要
第5-8页
Abstract
第8-18页
第一章 绪论
第18-34页
1.1 引言
第18-20页
1.1.1 研究背景
第18-19页
1.1.2 研究目的与意义
第19-20页
1.2 国内外研究现状及评述
第20-31页
1.2.1 功能基因网络概述
第20-21页
1.2.2 功能基因关联推断的计算方法
第21-24页
1.2.3 功能基因关联推断的实验方法
第24-26页
1.2.4 整合基因关联构建功能基因网络
第26页
1.2.5 功能基因网络的测试
第26-27页
1.2.6 功能基因网络的分析
第27页
1.2.7 功能基因网络的可视化
第27-28页
1.2.8 植物功能基因网络及数据库
第28-30页
1.2.9 林木功能基因网络和木材形成发育基因网络
第30-31页
1.3 主要研究内容与重点解决问题
第31-33页
1.3.1 关键科学问题和研究目标
第31-32页
1.3.2 主要研究内容
第32-33页
1.4 技术路线
第33-34页
第二章 杨树功能基因网络的构建
第34-62页
2.1 材料与方法
第35-43页
2.1.1 试验材料与数据
第35-37页
2.1.2 试验方法
第37-43页
2.2 结果与分析
第43-60页
2.2.1 功能基因关联标准集
第43-45页
2.2.2 杨树功能基因关联鉴定
第45-53页
2.2.3 不同数据集获得的功能基因关联的整合
第53页
2.2.4 杨树功能基因网络的质量评估
第53-56页
2.2.5 杨树功能基因网络的特征分析
第56-58页
2.2.6 杨树功能基因网络的预测能力分析
第58页
2.2.7 杨树功能基因网络的聚类分析
第58-60页
2.3 小结
第60-62页
第三章 Poplar Gene杨树基因功能注释平台开发
第62-102页
3.1 材料与方法
第63-69页
3.1.1 试验材料与数据
第63-64页
3.1.2 试验方法
第64-69页
3.2 结果与分析
第69-100页
3.2.1 Poplar Gene平台页面
第69-70页
3.2.2 杨树基因的深度注释
第70-71页
3.2.3 基于功能基因网络的分析算法
第71-74页
3.2.4 基因启动子顺式作用元件分析工具
第74-78页
3.2.5 杨树基因集合功能富集分析工具
第78-79页
3.2.6 杨树Texpresso文献信息挖掘系统
第79-80页
3.2.7 GBrowse2与JBrowse工具
第80-81页
3.2.8 平台的其他功能
第81-82页
3.2.9 PoplarGene平台应用案例
第82-100页
3.3 小结
第100-102页
第四章 基于PoplarGene平台的杨树木材形成发育基因的生物信息学系统分析
第102-126页
4.1 材料与方法
第103-104页
4.1.1 试验材料和数据
第103页
4.1.2 试验方法
第103-104页
4.2 结果与分析
第104-124页
4.2.1 杨树木材形成发育基因的功能基因子网络
第104-111页
4.2.2 杨树木材形成发育基因的适应性进化分析
第111-118页
4.2.3 杨树木材形成发育基因的mi RNA调控网络
第118-124页
4.3 小结
第124-126页
第五章 结论与讨论
第126-132页
5.1 结论
第126-128页
5.2 讨论
第128-131页
5.3 展望
第131-132页
参考文献
第132-147页
附录
第147-156页
不常用名词的解释
第156-157页
在读期间的学术研究
第157-158页
致谢
第158页
本篇论文共
158
页,
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