基于功能基因网络的杨树基因功能注释平台PoplarGene及其应用



基于功能基因网络的杨树基因功能注释平台PoplarGene及其应用

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基于功能基因网络的杨树基因功能注释平台PoplarGene及其应用

论文目录
摘要	第5-8页
Abstract	第8-18页
第一章绪论	第18-34页
1.1 引言	第18-20页
1.1.1 研究背景	第18-19页
1.1.2 研究目的与意义	第19-20页
1.2 国内外研究现状及评述	第20-31页
1.2.1 功能基因网络概述	第20-21页
1.2.2 功能基因关联推断的计算方法	第21-24页
1.2.3 功能基因关联推断的实验方法	第24-26页
1.2.4 整合基因关联构建功能基因网络	第26页
1.2.5 功能基因网络的测试	第26-27页
1.2.6 功能基因网络的分析	第27页
1.2.7 功能基因网络的可视化	第27-28页
1.2.8 植物功能基因网络及数据库	第28-30页
1.2.9 林木功能基因网络和木材形成发育基因网络	第30-31页
1.3 主要研究内容与重点解决问题	第31-33页
1.3.1 关键科学问题和研究目标	第31-32页
1.3.2 主要研究内容	第32-33页
1.4 技术路线	第33-34页
第二章杨树功能基因网络的构建	第34-62页
2.1 材料与方法	第35-43页
2.1.1 试验材料与数据	第35-37页
2.1.2 试验方法	第37-43页
2.2 结果与分析	第43-60页
2.2.1 功能基因关联标准集	第43-45页
2.2.2 杨树功能基因关联鉴定	第45-53页
2.2.3 不同数据集获得的功能基因关联的整合	第53页
2.2.4 杨树功能基因网络的质量评估	第53-56页
2.2.5 杨树功能基因网络的特征分析	第56-58页
2.2.6 杨树功能基因网络的预测能力分析	第58页
2.2.7 杨树功能基因网络的聚类分析	第58-60页
2.3 小结	第60-62页
第三章 Poplar Gene杨树基因功能注释平台开发	第62-102页
3.1 材料与方法	第63-69页
3.1.1 试验材料与数据	第63-64页
3.1.2 试验方法	第64-69页
3.2 结果与分析	第69-100页
3.2.1 Poplar Gene平台页面	第69-70页
3.2.2 杨树基因的深度注释	第70-71页
3.2.3 基于功能基因网络的分析算法	第71-74页
3.2.4 基因启动子顺式作用元件分析工具	第74-78页
3.2.5 杨树基因集合功能富集分析工具	第78-79页
3.2.6 杨树Texpresso文献信息挖掘系统	第79-80页
3.2.7 GBrowse2与JBrowse工具	第80-81页
3.2.8 平台的其他功能	第81-82页
3.2.9 PoplarGene平台应用案例	第82-100页
3.3 小结	第100-102页
第四章基于PoplarGene平台的杨树木材形成发育基因的生物信息学系统分析	第102-126页
4.1 材料与方法	第103-104页
4.1.1 试验材料和数据	第103页
4.1.2 试验方法	第103-104页
4.2 结果与分析	第104-124页
4.2.1 杨树木材形成发育基因的功能基因子网络	第104-111页
4.2.2 杨树木材形成发育基因的适应性进化分析	第111-118页
4.2.3 杨树木材形成发育基因的mi RNA调控网络	第118-124页
4.3 小结	第124-126页
第五章结论与讨论	第126-132页
5.1 结论	第126-128页
5.2 讨论	第128-131页
5.3 展望	第131-132页
参考文献	第132-147页
附录	第147-156页
不常用名词的解释	第156-157页
在读期间的学术研究	第157-158页
致谢	第158页

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