论文目录 | |
| 摘要 | 第1-5
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| Abstract | 第5-10
页 |
| 第一部分 前言 | 第10-30
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| 1 蜻蜒目系统学研究概况 | 第10-14
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| · 基于形态特征的系统发育研究 | 第10-12
页 |
| · 基于分子数据的系统发育研究 | 第12
页 |
| · 共同支持的观点 | 第12-13
页 |
| · 蜻科昆虫简介 | 第13-14
页 |
| 2 动物线粒体基因组和COI基因 | 第14-15
页 |
| · 动物线粒体基因组特征和基因序列特征 | 第14-15
页 |
| · 动物COI基因分子进化和系统学应用概况 | 第15
页 |
| 3 分子系统学研究方法 | 第15-29
页 |
| · 形态学方法和分子方法的比较 | 第16
页 |
| · 分子系统学序列数据的取样 | 第16-19
页 |
| · 分类单元的选择(taxonsampling) | 第16-18
页 |
| · DNA序列的取样 | 第18-19
页 |
| · 序列比对 | 第19-21
页 |
| · 比对概念及一般比对原则 | 第19-20
页 |
| · 不同比对程序的比较 | 第20-21
页 |
| · DNA序列加权 | 第21-22
页 |
| · 外群(outgroup)的选择 | 第22-23
页 |
| · 不同基因和不同建树方法在重建系统发育中的效率 | 第23-25
页 |
| · 评估数据系统发育信号和进化树的可靠性与置信度的检验 | 第25-27
页 |
| · 数据组总体系统发育信号检验 | 第25-26
页 |
| · 进化树分支可靠性和置信度的检验 | 第26
页 |
| · 似然率检验(LRT) | 第26-27
页 |
| · 线粒体假基因(Numts)对分子进化和分子系统学研究的影响 | 第27-29
页 |
| · Numts的存在对分子和进化研究的干扰 | 第28-29
页 |
| · Numts带来的研究新方向 | 第29
页 |
| 4 本课题研究的目的和意义 | 第29-30
页 |
| 第二部分 实验材料与方法 | 第30-39
页 |
| 1 实验材料和方法 | 第30-35
页 |
| · 实验材料 | 第30-31
页 |
| · 实验试剂 | 第30
页 |
| · 设备及耗材 | 第30-31
页 |
| · 标本的采集、鉴定、保存与整理 | 第31
页 |
| · 实验方法 | 第31-35
页 |
| · 提取DNA所用的试剂 | 第31-32
页 |
| · 总DNA提取 | 第32-33
页 |
| · 基因组DNA的检测方法 | 第33
页 |
| · PCR扩增mtDNA目的基因片段 | 第33-35
页 |
| 2 实验数据处理和分析 | 第35-39
页 |
| · 序列编辑及比对 | 第35
页 |
| · 序列组成分析 | 第35
页 |
| · 数据组信号检测 | 第35-36
页 |
| · 建树 | 第36-38
页 |
| · 简约法建树 | 第36-37
页 |
| · 距离法建树 | 第37
页 |
| · 极似然法建树 | 第37
页 |
| · 贝叶斯系统发育推论法(Bayesian inference of phylogeny) | 第37-38
页 |
| · 四种建树方法得到的系统树的比较和总结 | 第38-39
页 |
| 第三部分 结果分析 | 第39-63
页 |
| 1 基因组总DNA的提取、PCR扩增及序列的测定 | 第39
页 |
| · 基因组总DNA提取 | 第39
页 |
| · 引物的应用和PCR扩增结果 | 第39
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| · PCR产物测序 | 第39
页 |
| 2 实验数据处理和分析 | 第39-56
页 |
| · 序列编辑和序列比对结果 | 第39
页 |
| · 数据集序列组成分析 | 第39-42
页 |
| · 核苷酸组成分析 | 第39-40
页 |
| · 密码子使用频率与氨基酸组成分析 | 第40
页 |
| · 碱基替换分析 | 第40-42
页 |
| · 数据组系统发育信号检验 | 第42-52
页 |
| · p距离与R值的关系14 species | 第42
页 |
| · 碱基替换饱和性分析 | 第42-43
页 |
| · PAUP中数据组系统发育信号检验(gl和PTP检验) | 第43
页 |
| · 遗传距离分析 | 第43-52
页 |
| · 系统发育重建 | 第52-56
页 |
| · 简约法建树 | 第52-53
页 |
| · 距离法建树 | 第53-54
页 |
| · 极大似然法建树 | 第54
页 |
| · 贝叶斯系统发育推论结果 | 第54-56
页 |
| · 以翻译得到的氨基酸序列构建系统发育树 | 第56
页 |
| 3 分析和讨论 | 第56-63
页 |
| · 蜻科14种昆虫COI基因部分片段的序列组成和分子进化特征 | 第56-57
页 |
| · COI基因序列数据系统发育信号评估 | 第57-59
页 |
| · 四种系统发育推断方法建树结果及比较 | 第59-61
页 |
| · 不同基因在蜻科属间系统发育关系分析有效性的讨论 | 第61-62
页 |
| · 外群的选择 | 第62-63
页 |
| 第四部分 结论 | 第63-65
页 |
| 参考文献 | 第65-72
页 |
| 致谢 | 第72-73
页 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文 | 第73
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