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用加强的后缀数组查找MUM
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用加强的后缀数组查找MUM
论文目录
 
摘要第1-5 页
Abstract第5-8 页
第一章 绪论第8-12 页
　　· 引言第8-10 页
　　· 本文的主要工作第10-12 页
第二章 整基因组比对第12-26 页
　　· 背景第12-13 页
　　· MUMmer的产生第13-14 页
　　· MUMmer的系统演化第14-25 页
　　　　· MUM的定义第14-15 页
　　　　· MUMmer1第15-22 页
　　　　· MUMmer2第22-24 页
　　　　· MUMmer3第24-25 页
　　· 总结第25-26 页
第三章 加强的后缀数组第26-46 页
　　· 概述第26-27 页
　　· 基本定义第27-28 页
　　· 后缀数组基本信息的计算第28-33 页
　　　　· 后缀数组的构造第28-31 页
　　　　· 线性时间的lcp计算第31-33 页
　　· 后缀数组的lcp-interval树第33-36 页
　　　　· lcp interval第33-34 页
　　　　· lcp-interval树第34-36 页
　　· 自顶向下遍历第36-41 页
　　　　· child表的构造第37-39 页
　　　　· 以常量的时间确定孩子interval第39-40 页
　　　　· 一个例子：怎样确定串P在串S中的出现第40-41 页
　　· 加入后缀链第41-43 页
　　　　· 后缀链第41-42 页
　　　　· 一个简单的后缀链表的构造算法第42-43 页
　　· 实现细节第43-46 页
　　　　· lcp表第43 页
　　　　· child表第43-44 页
　　　　· 后缀链表第44-46 页
第四章 用加强的后缀数组替换后缀树查找MUM第46-60 页
　　· 概述第46 页
　　· 基于加强的后缀数组性质计算MUM的算法第46-49 页
　　　　· 查找两基因组间的MUM第46-48 页
　　　　· 查找多个基因组间的MUM第48-49 页
　　· 基于加强的后缀数组的流匹配算法第49-56 页
　　　　· 一个线性时间的后缀链interval的构造算法第50-53 页
　　　　· 计算MUM的流匹配算法第53-56 页
　　· 实验结果及分析第56-60 页
第五章 结束语第60-62 页
致谢第62-64 页
参考文献第64-68 页
研究成果第68 页

本篇论文共68页，点击这进入下载页面。
 
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