山羊绒候选基因筛选及低密度芯片设计



山羊绒候选基因筛选及低密度芯片设计

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山羊绒候选基因筛选及低密度芯片设计

论文目录
摘要	第1-4页
Abstract	第4-10页
缩略语表	第10-11页
1 引言	第11-21页
· 育种方法的研究进展	第11-13页
· 根据性状来选育品种	第11-12页
· 根据分子标记来选育品种	第12页
· 基因组选择育种	第12-13页
· SNP标记与动物分子育种	第13-15页
· 分子标记的研究进展	第14页
· SNP标记	第14-15页
· SNP的特点	第15页
· 基因组选择技术	第15-21页
· 基因组选择的基本概念和原理	第15-16页
· 基因组育种值的计算方法	第16-18页
· 基因组选择的影响因素	第18-19页
· 高密度芯片的优缺点	第19页
· 低密度芯片的基因组选择	第19-20页
· 本研究的目的意义	第20-21页
2 第一部分全基因组选择在绒山羊育种中的研究	第21-33页
· 材料和方法	第21-25页
· 实验材料	第21页
· 基因型数据的质控	第21页
· 性状表型记录的测定	第21页
· 基因组预测的统计方法	第21-22页
· 低密度芯片位点的筛选	第22-23页
· 基因组估计的评价指标	第23-24页
· KASP的SNP引物	第24-25页
· 数据统计和分析	第25页
· 结果和分析	第25-33页
· 关键SNP位点的选择	第25-26页
· 关键SNP的杂合度检验	第26-27页
· 关键SNPs位点对估计育种值准确性的影响	第27页
· 随机选取的SNP位点和关键SNP位点的准确性比较	第27-28页
· 群体结构分析	第28-30页
· SNP的染色体分布情况	第30-31页
· 部分SNP的验证	第31-33页
3 第二部分全基因组研究揭示山羊品种间杂交引起羊绒质量改变的现象	第33-49页
· 引言	第33-34页
· 材料和方法	第34-38页
· 试验材料及数据来源	第34页
· 原始数据过滤	第34页
· 羊绒细度的测定	第34页
· 群体结构分析及固定指数计算(F_(ST))	第34-35页
· 候选基因的筛选	第35页
· RNA-Seq文库构建和RNA-Seq分析	第35-38页
· 候选基因的共表达网络分析	第38页
· 实验结果	第38-49页
· 表型测定结果	第38页
· 主成分分析和候选SNP位点选择结果	第38-40页
· 候选基因的选择	第40-41页
· 候选基因的功能性富集分析	第41-43页
· 候选基因的共表达网络分析	第43-44页
· CSN2基因的分析	第44-46页
· 不同方法找到SNP的整合分析	第46-49页
4 讨论	第49-54页
5 结论	第54-55页
致谢	第55-56页
参考文献	第56-64页
附录	第64-77页
作者简介	第77页

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