基于蛋白质相互作用网络的信息通路提取



基于蛋白质相互作用网络的信息通路提取

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基于蛋白质相互作用网络的信息通路提取

论文目录
摘要	第1-6页
abstract	第6-9页
第一章绪论	第9-13页
1.1 研究背景和意义	第9-10页
1.1.1 生物信息学	第9页
1.1.2 基因组学和蛋白质组学	第9-10页
1.2 蛋白质相互作用和蛋白质信号通路	第10页
1.3 研究意义	第10-11页
1.4 国内外研究现状	第11-12页
1.5 本文的主要工作及组织结构	第12-13页
第二章基本概念和相关技术	第13-20页
2.1 基本概念	第13-18页
2.1.0 氨基酸	第13-14页
2.1.1 蛋白质	第14-15页
2.1.2 蛋白质相互作用网络	第15-16页
2.1.3 信号通路	第16-17页
2.1.4 源节点和靶节点	第17-18页
2.2 相关技术	第18-19页
2.2.1 节点权值	第18页
2.2.2 遗传算法	第18页
2.2.3 模拟退火算法	第18-19页
2.3 本章小结	第19-20页
第三章基于节点权值的蛋白质相互作用网络的简化	第20-40页
3.1 数据选取	第20-21页
3.2 基于节点权值的蛋白质相互作用网络的简化流程	第21-22页
3.3 信号通路的源节点和靶节点	第22-25页
3.4 基于节点权值的蛋白质相互作用网络的简化	第25-26页
3.4.1 利用权值处理网络	第25页
3.4.2 利用节点权值处理蛋白质相互作用网络	第25-26页
3.5 信号通路搜索	第26-28页
3.6 反向处理蛋白质相互作用网络	第28页
3.7 结果输出	第28-29页
3.8 结果分析	第29-39页
3.9 本章小结	第39-40页
第四章基于遗传算法和模拟退火法的信号通路提取	第40-49页
4.1 基于遗传算法的信号通路提取	第40-44页
4.1.1 遗传算法	第40-41页
4.1.2 遗传算法结果分析	第41-44页
4.2 基于模拟退火法的信号通路提取	第44-46页
4.2.1 模拟退火法信号通路息提取算法过程	第44-45页
4.2.2 模拟退火法提取信号通路结果分析	第45-46页
4.3 遗传算法与模拟退火算法提取蛋白质网络对比	第46-47页
4.4 与现有方法比较	第47-48页
4.5 本章小结	第48-49页
总结	第49-51页
数据分析	第49页
算法分析	第49-51页
1．极大程度简化拓扑结构	第49-50页
2．覆盖率和召回率	第50页
3．可扩展性和灵活性	第50-51页
参考文献	第51-55页
附表1根据节点权值简化后的蛋白质相互作用网络	第55-67页
攻读博士/硕士学位期间取得的研究成果	第67-68页
致谢	第68-69页
附件	第69页

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