面向新一代测序技术的基因拼接算法



面向新一代测序技术的基因拼接算法

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面向新一代测序技术的基因拼接算法

论文目录
摘要	第1-10页
ABSTRACT	第10-12页
第一章绪论	第12-17页
1.1 研究背景	第12-13页
1.2 研究现状	第13-14页
1.3 研究的内容	第14-15页
1.4 论文的组织	第15-17页
第二章基于De Bruijn图的基因拼接算法	第17-26页
2.1 De Bruijn图的特点与长处	第17页
2.2 De Bruijn图的原理	第17-18页
2.3 基因拼接的流程	第18-22页
2.3.1 De Bruijn图的简化	第21-22页
2.4 相关拼接技术分析	第22-25页
2.4.1 Velvet拼接技术	第22页
2.4.2 ABYSS拼接技术	第22-23页
2.4.3 PASHA拼接技术	第23-25页
2.5 本章小结	第25-26页
第三章动态哈希在算法中的使用	第26-34页
3.1 哈希技术的原理	第26-28页
3.1.1 处理冲突的方法	第26-28页
3.1.2 动态哈希	第28页
3.2 算法中的哈希函数	第28-33页
3.2.1 哈希表初始大小	第29页
3.2.2 对原始数据的变换	第29-30页
3.2.3 冲突处理与装填因子	第30-31页
3.2.4 算法中的扩展策略	第31-33页
3.3 本章小结	第33-34页
第四章并行I/O策略与进程间通信策略	第34-44页
4.1 文件I/O	第34-35页
4.2 消息传递接口MPI	第35-36页
4.3 并行I/O策略	第36-39页
4.3.1 文件切分方法	第38-39页
4.4 进程间通信的策略	第39-42页
4.4.1 构建De Bruijn图进行的集合通信	第39-41页
4.4.2 生成scaffold进行的点到点通信	第41-42页
4.5 本章小结	第42-44页
第五章性能比较与分析	第44-53页
5.1 环境设置及实验数据	第44-45页
5.2 性能对比	第45-51页
5.3 结论分析	第51-52页
5.4 本章小结	第52-53页
第六章总结与展望	第53-57页
6.1 工作总结	第53-54页
6.2 下一步工作展望	第54-57页
6.2.1 参考Pregel模型	第54-55页
6.2.2 使用协处理器	第55-57页
参考文献	第57-61页
致谢	第61-62页
攻读学位期间发表的主要学术论文	第62-63页
附件	第63页

本篇论文共63页，点击这进入下载页面。

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