基于理化性质与结构拓扑参数的Decoy分子产生算法及其应用



基于理化性质与结构拓扑参数的Decoy分子产生算法及其应用

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基于理化性质与结构拓扑参数的Decoy分子产生算法及其应用

论文目录
摘要	第1-7页
Abstract	第7-12页
缩略词表	第12-13页
第一章绪论	第13-24页
1.1 引言	第13页
1.2 计算机辅助药物设计	第13-20页
1.2.1 基于受体的药物设计	第13-15页
1.2.2 基于配体的药物设计	第15-20页
1.2.2.1 相似度搜索	第16-17页
1.2.2.2 药效团模型	第17-18页
1.2.2.3 定量构效关系	第18-20页
1.3 虚拟筛选	第20页
1.4 Decoy分子在虚拟筛选中的意义	第20-21页
1.5 Decoy分子的定义和产生原理	第21页
1.6 Decoy分子产生的研究现状	第21-23页
1.7 Python的介绍	第23页
1.8 本文的研究目的及内容	第23-24页
第二章 RApid Decoy Retriever (RADER)算法的实现	第24-43页
2.1 引言	第24页
2.2 RADER算法的核心	第24页
2.3 RADER算法的实现	第24-30页
2.3.1 数据库归档	第25-26页
2.3.2 查询模板的产生	第26-27页
2.3.3 Decoy分子的检索	第27-30页
2.3.4 Decoy分子分析	第30页
2.3.5 解压缩存档	第30页
2.3.6 实施和系统要求	第30页
2.4 RADER算法的评估	第30-38页
2.4.1 分子对接富集率的评估	第30-33页
2.4.2 计算速度的评估	第33-34页
2.4.3 空间多样性的评估	第34-36页
2.4.4 靶标适用范围广的举例说明	第36-37页
2.4.5 立体异构的问题	第37-38页
2.5 RADER web的实现	第38-41页
2.6 RADER优点总结	第41-42页
2.7 本章小结	第42-43页
第三章基于RADER方法的PI3K-AKT-mTOR通路靶标基准数据集构建	第43-57页
3.1 引言	第43页
3.2 PI3K-AKT-mTOR信号通路上基准数据集的构建	第43-44页
3.2.1 靶标蛋白和相应活性化合物的选取与预处理	第43页
3.2.2 Decoy分子的产生	第43-44页
3.3 基准数据集的评估	第44-56页
3.3.1 分子对接富集率评估	第44-47页
3.3.2 基于MACCS指纹 2D分子相似度富集率的评估	第47-50页
3.3.3 3D分子形状相似度富集率的评估	第50-54页
3.3.4 DUD-E数据库中相同靶标数据的评估	第54页
3.3.5 六个描述符性质匹配度的评估	第54-56页
3.4 本章小结	第56-57页
结论和展望	第57-59页
结论	第57页
创新之处	第57页
展望	第57-59页
参考文献	第59-65页
附录	第65-74页
攻读硕士学位期间取得的研究成果	第74-75页
致谢	第75-76页
附件	第76页

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